В 496 году до н. э. объединенное скифское войско прошло по землям греческих городов, расположенных по обоим берегам пролива Геллеспонт (Дарданеллы) и прикрывавших в свое время поход Дария I в Скифию и по фракийским землям вышли к Эгейскому морю и Херсонесу Фракийскому.

На Крымском полуострове обнаружено около пятидесяти скифских курганов V века до н. э., в частности Золотой курган близ Симферополя. Кроме остатков еды и воды, наконечников стрел, мечей, копий и других предметов вооружения были найдены дорогое оружие, золотые изделия и предметы роскоши. В это время постоянное население северного Крыма увеличивается и в IV веке до н. э. становится очень значительным.

Около 480 года до н. э. независимые греческие города-государства Восточного Крыма объединились в единое Боспорское царство, расположившееся на обоих берегах Боспора Киммерийского – Керченского пролива. Боспорское царство занимало весь Керченский полуостров и Тамань до Азовского моря и Кубани. Наиболее крупными городами Боспорского царства были на Керченском полуострове – столица Пантикапей (Керчь), Мирликий, Тиритака, Нимфей, Китей, Киммерик, Феодосия, а на Таманском полуострове – Фанагория, Кепы, Гермонасса, Горгипия.

Пантикапей, античный город в Восточном Крыму, был основан в первой половине VI века до н. э. греческими выходцами из Милета. Самые ранние археологические находки в городе датируются этим периодом. Греческие колонисты наладили хорошие торговые связи с крымскими царскими скифами и даже место для строительства города получили с согласия скифского царя. Город располагался на склонах и у подножья скалистой горы, называемой ныне Митридатовой. Хлебные поставки с плодородных равнин восточного Крыма быстро сделали Пантикапей главным торговым центром в регионе. Удобное расположение города на берегу большой бухты, хорошо оборудованная торговая гавань позволили этому полису быстро взять под свой контроль морские пути, проходящие через Керченский пролив. Пантикапей стал основным перевалочным пунктом для большей части товаров, привозимых греками для скифов и других местных племен. Название города переводится, возможно, как «рыбный путь» – изобилующий рыбой Керченский пролив. Чеканил свои медные, серебряные и золотые монеты. В первой половине V века до н. э. Пантикапей объединил вокруг себя расположенные на обоих берегах Боспора Киммерийского – Керченского пролива греческие города-колонии. Понимавшие необходимость объединения для самосохранения и осуществления своих экономических интересов греческие полисы образовали Боспорское царство. Вскоре после этого для защиты государства от вторжения кочевников был создан укрепленный вал с глубоким рвом, пересекавший Крымский полуостров от города Тиритака, расположенного у мыса Камыш-Бурун, до Азовского моря. В VI веке до н. э. Пантикапей был обнесен оборонительной стеной.

До 437 года до н. э. царями Босфора была греческая милетская династия Археанактидов, родоначальником которой был Археанакт, ойкист милетских колонистов, основавших Пантикапей. В этом году в Пантикапей во главе эскадры военных кораблей прибыл глава Афинского государства Перикл, совершавший с большой эскадрой объезд греческих городов-колоний для установления более тесных политических и торговых связей. Перикл провел переговоры о хлебных поставках с боспорским царем и затем со скифами в Ольвии. После его отъезда в Боспорской царстве династия Археанактидов сменилась местной эллинизированной династией Спартокидов, возможно фракийского происхождения, управлявшей царством до 109 года до н. э.