Только во времена Анны Иоанновны было арестовано 4000 человек, из которых 30 казнено. Из них по-настоящему серьезных преступников было около 600.
Все документы Тайной канцелярии написаны иносказательно.
Тайную канцелярию уничтожил 21 февраля 1762 года Петр Третий, передав ее дела Сенату. Ничего удивительно в том нет, что его вскоре свергли с престола.
Упраздненная Тайная канцелярия тут же в 1762 году была заменена Тайной экспедицией при Сенате. Ее секретарь со всем штатом стал ее управляющим. Это было совсем неудивительно. Все сотрудники спецслужбы знали о заговоре Екатерины против никчемного и опасного для России Петра Третьего, но не выдали ее, а поддержали.
Если Тайная канцелярия была при монархе, целиком зависела от него и поэтому занималась как серьезными, так и пустячными делами, то Тайная экспедиция благодаря Екатерине стала правительственным органом и вела только особо важные дела и благодаря своему многолетнему начальнику вела блестяще.
Степан Шешковский, происходивший из гродненских мелкопоместных шляхтичей, а то и мещан, начал службу в 15 лет приказным недорослем Сибирской конторы в Москве, а закончил тайным советником и руководителем всесильной спецслужбы.
Великая императрица назначала на высокие должности не по происхождению, а по уму и способностям, и сделанного ей и Петром хватило бы стране на века, чтобы жить хорошо, но последователей им, увы, не нашлось. Степан Шешковский был правой рукой начальников спецслужбы генерал-аншефа Ушакова и графа Шувалова. Они обратили внимание на талант юного следователя и розыскника, который в 27 лет после десятилетней службы в Тайной канцелярии стал ее секретарем.
Шешковский часто встречался с Екатериной, которая активно сама занималась тайными делами и говорила, что у него "особливый дар вести следствие". Именно Шешковский расследовал дело Пугачева, благодаря ему не соединившегося с крымским ханом для атаки Москвы, которую Екатерина ждала в Петровском путевом дворце у нынешнего метро Динамо, где целый месяц спала не раздеваясь и не имея возможности отозвать армию с вовсю полыхавшей турецкой войны. Шешковский расследовал дело Мировича, покушавшегося на трон, вел дело Радищева, который упал в обморок, услышав об этом, масона Новикова, расследовал преступления всех проворовавшихся губернаторов. При этом Екатерина запретила издевательства и пытки арестованных, оставив из физических наказаний только порку. Именными указами императрица приказывала Шешковскому "се дела привести в ясность и досконально узнать все плутни, от кого все родилось и кем они произведены и вымышлены были". Он узнавал и узнавал так, что Екатерина могла делать Россию великой с широко открытыми глазами, знавшими и видевшими всех врагов внутри и снаружи.
Как контрразведчик Шешковский был незаменим, он лично взял с поличным австрийского шпиона Вальца, возглавлявшего секретариат Коллегии иностранных дел Российской империи. При нем шпионов в органах власти не было.
Разведкой при Екатерине занимались лично она и ее фельдмаршалы во главе с Потемкиным, Румянцевым, Долгоруковым-Крымским и Суворовым, имевших для этого специально созданных чиновников по особым поручениям. Они имели разведчиков – конфидентов, занимавших высокие посты в Османской империи и на западе. Секретные поручения выполняли и самые важные сановники Екатерины, достаточно вспомнить историю графа Орлова и княжны Таракановой. Потом в дело вступал Шешковский, он казался вездесущим и знал все тайны империи, которую надежно охранял.