Иоаким Иоакимович «окунулся» в научно-исследовательскую работу. Писал много и часто публиковался. Участвовал в дискуссиях по проблемам войны и мира. Подготовил уникальный по своей значимости труд «Что такое военная доктрина будущего». Работу над ним он закончил к сентябрю 1921 года.

Против публикации «спорного» труда опального главкома выступил начальник Политического управления Реввоенсовета С. И. Гусев (Драбкин). Он написал отрицательный отзыв на «сомнительную» рукопись начальнику Военной академии РККА М. Н. Тухачевскому. Книга вышла в свет только в 1923 году, после вмешательства в ее судьбу Троцкого. Реакция на содержание труда, разумеется, была неоднозначной. Но именно этого, думается, и добивался автор, большой специалист в области стратегии.

Заслуги Вацетиса в военно-научной и преподавательской деятельности смотрелись несомненными и высокими. В 1927 году ему присваивается звание «профессор высших военно-учебных заведений РККА». В следующем году в честь 10-летнего юбилея Красной армии за «заслуги в руководстве и личном участии в боевых операциях» получает свой первый орден – Красного Знамени. В 1934 году за преподавательскую деятельность награждается вторым орденом – Красной Звезды. В 1935 году ему присваивается звание командарма 2-го ранга.

Исследователи сходятся в том, что И. В. Сталин испытывал к Вацетису личную неприязнь со времени Гражданской войны, а точнее – с дней обороны Царицына. Но открыто неприязнь не высказывалась. Сталинское окружение об этом знало хорошо и потому научную деятельность преподавателя Военной академии РККА не одобряло. А тот начал писать многотомную историю Гражданской войны, закончив ее первый том под названием «1918 год» в 35-м.

Эта рукопись и решила судьбу И. И. Вацетиса. Попытка издать книгу, хотя бы малым тиражом в академической типографии, встретила резкое возражение начальника научно-исследовательского отдела академии Н. А. Теленского, ознакомившегося с содержанием рукописи. 17 ноября между ними состоялся следующий разговор.

Вацетис спросил Теленского: «Почему не издается мой труд „1918 год”?»

Теленский ответил: «Ваш труд носит мемуарный характер, а академии нужны учебники, кроме того, почему у вас в труде ничего не говорится о роли т. Сталина в 1918 году и вообще в Гражданской войне?»

Вацетис ответил: «Сталин никакой роли в Гражданской войне не играл, мы ее чувствовали. Был случай – приехал Сталин в Арзамас и говорит мне: есть приказ расстрелять 75 % всех генштабистов, а 25 % оставить. Я ему заявил, что я генштабист и расстреливайте меня первого. Я ему доложил о работе генштабистов и он ответил – приказ о расстреле генштабистов отменяется и уехал».

О разговоре Теленский письменно доложил помощнику начальника и комиссару академии Е. А. Щаденко. В доносе говорилось о стремлении командарма 2-го ранга «замолчать роль Сталина», враждебном отношении к Ворошилову и тому подобное. И делался вывод: «Вацетис с его настроениями и взглядами при известных условиях может быть использован нашими врагами».

Щаденко, соратник И. В. Сталина по 1-й конной армии, естественно, «дал ход» доносу, содержание которого или само письмо дошло до самого верха. Для начала Вацетису закрыли допуск к архивам Гражданской войны. Потом командарма 2-го ранга стали попросту «забывать». Арестовали же его только через два года, 29 ноября 37-го. Он был приговорен к высшей мере наказания и расстрелян 28 июля 1938 года. Имя его было вымарано, где только можно, прежде всего из истории Гражданской войны в России.