Чуть позже, в феврале 1925 года, на землях, прилегающих к Аральскому морю, была образована Каракалпакская автономная область, которая сначала входила в состав Казахской АССР, а в декабре 1936 года вошла в состав Узбекской ССР. В 1929 году таджикская автономия, входившая в состав Узбекской ССР, была преобразована в Таджикскую ССР, а после принятия Сталинской конституции 5 декабря 1936 года появились Киргизская и Казахская ССР (до этого обе входили в состав РСФСР).

Несмотря на то, что сопротивление значительной части местного населения советизации Средней Азии было достаточно долгим и упорным (басмаческое движение просуществовало там до начала 30-х годов), однако в целом большевикам удалось достаточно быстро и эффективно разрешить многие проблемы. Как говорил известный персонаж культового фильма «Белое солнце пустыни» красноармеец Федор Сухов: «Восток – дело тонкое». Большевики это быстро уяснили и стали строить свою политику в Средней Азии исходя из местных реалий. И в формировании тамошних политических элит стали опираться на те кланы, которые играли ключевые роли в данных регионах.

Так, в Казахстане большинство первых партийных работников были выходцами из двух жузов: Среднего (Орта) и Младшего (Киши). Первый представлял из себя потомков казахских племенных объединений (кипчаки, аргыны и др.) в Центральном и Северо-Восточном Казахстане, заключивших свой союз еще в XVI веке и вошедших в состав России в середине XVIII века; второй – потомков казахских племен (жети-ру, алим-улы, бай-улы) в Западном Казахстане, вошедших в состав России в XVI веке. На третьем месте по степени своего влияния в системе власти в советском Казахстане стояли потомки Старшего (Улу) жуза, куда некогда входили племенные объединения (канглы, дулаты, албаны и др.), проживавшие в районе Семиречья (южный и юго-восточный Казахстан).

В советской Киргизии власть между собой разделили потомки племен Севера и Юга, которые вели межплеменную борьбу еще с первой половины XIX века. В северную группировку входят следующие кланы: Чуй-Кеминский и Нарынский (роды Сары Багыш и Саяк, представители которого проживают в Кеминском районе Чуйской области, а также в Кочкорском, Тянь-Шаньском и Ат-Башинском районах Нарынской области), Таласский (роды Кушчу и Сару), Чуйский (роды Солто и Тынай), Иссык-Кульский (род Бугу). В южные кланы входят роды Ичкилик и Отуз Уул. Первые проживают на территории Ошской и Баткенской областей и частично Джалал-Абадской области, вторые – на территории Джалал-Абадской области и частично на территории Ошской.

В Таджикистане клановое разделение проходило по трем направлениям: «равнинный север» (ленинабадцы или ходжентцы), «сельскохозяйственный юг» (кулябцы и кургантюбинцы) и «центр» (душанбинцы, гарманцы, тавильдарцы). На номенклатурной обочине находились памирцы и бадахшанцы.

В Туркмении назначение первых лиц в республике проводилось строго по ротации, когда представителя одного племени сменял представитель другого. В итоге там руководителями становились представители всех крупных туркменских племен: ахалские текинцы, алили, марыйские текинцы, емуды, эрсары.

Наконец, в Узбекистане власть между собой делили выдвиженцы четырех кланов: самаркандского (самаркандско-бухарского), ферганского, ташкентского и кашкадарьинского. Клановая система в Узбекистане сформировалась на основе территориальной общности примерно в конце XIX – начале ХХ века. Поскольку узбеки давно перешли к оседлому образу жизни, то знание о том, кто из какого рода и племени произошел, у них утратило свое значение и актуальность. В итоге под кланом у них стала пониматься группа людей, объединенных родовой (родственной) или территориальной общностью происхождения. Причем клановость не довлеет над обществом. Связи и конфликты внутри клана или между кланами непосредственно затрагивают определенный слой людей, располагающих доступом к власти, материальным ценностям и собственности. Вся остальная масса населения вовлекается в клановые отношения вольно или невольно, по мере необходимости.