После сражения у Гелиополиса Клебер, отправив часть своих войск в помощь каирскому гарнизону, окруженному восставшим населением и турецкими войсками Нассифа-паши, преследовал великого визиря до Салагие. Оставив там Ренье, он 27 марта с остальными силами прибыл к Каиру, который был уже во власти Нассифа-паши и Ибрагим-бея. Сообщив им об участи армии великого визиря, Клебер предложил очистить город.

25 апреля 1800 г. Каир сдался французам. Клебер принялся за приведение в порядок внутренних дел и водворение спокойствия в стране. Им были приняты меры к укомплектованию армии местным населением. Так, в Нижнем Египте охотно поступали в ряды французских войск копты, сирийцы, эфиопские невольники.

14 июня Клебер был убит фанатиком, подосланным визирем. К этому времени английское правительство, несколько изменив взгляд на египетский вопрос, утвердило Эль-Аришскую конвенцию. Но генерал Мену, принявший после Клебера командование, ссылаясь на отсутствие полномочий, предложил известившему его об этом адмиралу Кейту обратиться в Париж. Тогда английским правительством был выработан план высадки 20-тысячного отряда британских войск западнее устья Нила для совместных действий с Сирийской армией турок, которая должна была наступать по правому берегу реки. В то же время 8-тысячный английский корпус из Ост-Индии предполагалось от Суэца двинуть в тыл французам.

Бонапарт, ставший первым консулом, принимал все меры, чтобы усилить армию в Египте и облегчить ее положение.

В начале 1801 г. в турецкой армии в Сирии началась эпидемия чумы. Несмотря на высадку 8 марта 1801 г. английских войск в Абукире, война затянулась, и лишь 31 августа генерал Мену, заменивший убитого Клебера, подписал конвенцию об эвакуации французских войск из Египта.

Были ли Египетская экспедиция Наполеона авантюрой? И да и нет. Наполеон планировал создать в Египте цветущую экономику. «Тысяча шлюзов обуздает и будет распределять воды паводка по всем частям страны; 8 или 10 миллиардов кубических туазов воды, которые пропадают каждый год в море, распределялись бы между всеми низменными районами пустыни, озером Мерис, озером Ма-реотис и Безводной рекою, до оазисов и значительно дальше на запад, а в восточном направлении поступали бы в Горькие озера и во все низменные районы Суэцкого перешейка и пустынь между Красным морем и Нилом; большое количество нагнетательных насосов и ветряных мельниц поднимали бы воду в водохранилища, оттуда ее можно было бы брать для орошения; многочисленные эмигранты из внутренней части Африки, Аравии, Сирии, Греции, Франции, Италии, Польши, Германии учетверили бы население; торговля с Индией вернулась бы на свой древний путь благодаря необратимой силе естественных условий; к тому же, господствуя в Египте, Франция господствовала бы и в Индостане…

После 50 лет владения Египтом цивилизация распространилась бы во внутренней части Африки через Сеннар, Абиссинию, Дарфур, Феццан; несколько больших наций были бы призваны насладиться благами искусств, наук, религии истинного бога, ибо именно через Египет к народам Центральной Африки должны прийти свет и счастье!!! <…>

Египет может уже сейчас (1799) обеспечить содержание армии в 50 000 человек и эскадры в 15 линейных кораблей, частью на Средиземном море, частью на Красном, а также многочисленной флотилии на Ниле и на озерах. Его территория может предоставить все необходимое, кроме леса и железа, которые он будет получать из Албании и Сирии и из Европы в обмен на свои произведения. Его доходы составляют 50 – 60 миллионов»