Наполеон решил нанести превентивный удар и занять Палестину и Сирию. На 1 января 1799 г. армия Наполеона насчитывала 29 700 человек строевого и нестроевого состава, в том числе: Верхний Египет – 6550 человек, Нижний Египет – 10 000 человек, Сирия – 13 150 человек. В начале января Бонапарт отправился в Сирийский поход с четырьмя пехотными дивизиями и одной кавалерийской дивизией Мюрата (всего около 14 тысяч человек). Сирийской армии потребовалось 3 тысячи верблюдов и 3 тысячи ослов для перевозки продовольствия, воды и обозных грузов. А именно: тысяча верблюдов для перевозки двухнедельного запаса продовольствия на 14 тысяч человек, а также на 3 тысячи лошадей кавалерии, штаба и артиллерии; и 2 тысячи верблюдов для перевозки запаса воды на три дня.

Осадные орудия везти по пустыни было невозможно. Поэтому два осадных парка, в каждом из которых было по четыре 24-фунтовые пушки, четыре 16-фунтовые пушки и четыре 8-дюймовые мортиры, были переброшены по морю. Один парк был погружен в Дамиетте на шесть шебек (гребных судов), а другой парк был отправлен из Александрии на трех фрегатах («Жюпан», «Куражез» и «Альсест»).

9 февраля 1799 г. французы после короткой бомбардировки овладели фортом Эль-Ариш. 26 февраля Наполеон был в Газе, а 3 марта пошел к сильно укрепленной крепости Яффа. 7 марта дивизии Ланна и Бона, проделав брешь в городской стене, после упорного штурма овладели городом, захватив 40 полевых и 20 крепостных орудий.

14 марта армия, в которой уже появились первые признаки чумы, двинулась дальше. 19 марта французы подошли к Аккре и под руководством генерала Каффарелли начали осадные работы.

Между тем английская эскадра блокировала побережье и 18 марта перехватила шесть французских шебек с одним из осадных парков. Захваченные орудия англичане установили на укреплениях Аккры. Фрегаты же с другим парком были выгружены в Яффе лишь 15 июня.

Тем временем к Аккре приближалась 25-тысячная турецкая армия дамасского паши Абдаллы. Против нее была двинута дивизия Клебера. Выявившееся превосходство турецких сил заставило Бонапарта лично выйти им навстречу с большей частью осадного корпуса, оставив перед Аккрой дивизии Ренье и Ланна.

16 апреля у горы Фавор произошло сражение, в котором турки были разбиты и бежали к Дамаску, потеряв до 5 тысяч человек и весь лагерь.

В апреле 1799 г. с Родоса был отправлен на кораблях 8-тысячный турецкий корпус. К вечеру 7 мая турецкий флот показался в виду Аккры. Бонапарт, пользуясь штилем, который мешал транспортам приблизиться к берегу, немедленно повел отчаянную атаку. Утром 8 мая французам удалось завладеть передовыми линиями укреплений. Командор Сидней Смит, несмотря на дальность расстояния, все-таки перевез часть турецких солдат, а в критический момент, когда французы уже были готовы ворваться в город, свез судовой десант, который повел сам.

В этой ситуации Бонапарт принял единственно верное решение – возвращаться в Египет. 21 мая он снял осаду Аккры. Возвращение армии из Сирии сопровождалось полным опустошением края, чтобы усложнить туркам вторжение в Египет с этой стороны. 2 июня армия достигла Эль-Ариша, 7 июня – Салагие, откуда дивизия Клебера была направлена в Дамиетту, а остальные войска – в Каир.

14 июня Бонапарт как победитель торжественно въехал в Каир.

15 июля он получил известие о том, что тринадцать 80-пушечных и 74-пушечных линейных кораблей, 9 фрегатов, 30 канонерок и 90 транспортов с турецкими войсками бросили якорь на Абукирском рейде. Англо-турецкий флот высадил десант из 16 тысяч человек под командованием Мустафы-паши. Турки заняли полуостров Абукир, но идти далее не рискнули.