При Иване Софья могла бы оставаться фактической правительницей неограниченно долго, но не таков был Петр. Появляясь в Москве, «младший царь» все чаще интересовался делами государства. При этом он задавал все более неудобные вопросы.

Положение Софьи осложняло то, что оба похода на крымских татар, возглавляемые ее любимцем князем Василием Голицыным, кончились полным провалом, и скрыть это не удалось. Собственно, после второго неудачного похода Софья охладела к своему фавориту, и его место занял Шакловитый.

Первой женой Петра I по выбору матери стала скромная, религиозная Евдокия Лопухина, принадлежавшая к старинному московскому роду

В. А. Серов «Петр I на псовой охоте», 1902

В июле того же 1689 года произошло первое открытое столкновение. Во время крестного хода в праздник Казанской иконы Божьей матери Петр потребовал от Софьи покинуть процессию. По традиции женщины не должны были в ней участвовать. Сестра вместо этого взяла образ Богоматери в руки и пошла вслед за крестами и хоругвями. Разъяренный Петр покинул праздник, не желая превращать его в балаган.

Софья не собиралась сидеть и дожидаться, когда Петр потребует от нее освободить трон. Да и ее ближайшие подручные – Шакловитый и Голицын – тоже не были настроены отдавать власть без боя. Знал об этом и Петр. В ночь на 8 августа в Преображенском появились двое стрельцов, которые сообщили, что Шакловитый замыслил убить Петра и его мать, Наталью Кирилловну. Петр сразу поверил им.

Неизвестно, насколько это было правдой. Шакловитый возвысился стремительно, поэтому завистников у него хватало. Некоторые историки полагают, что враги Федора несколько сгустили краски. Верно то, что накануне днем Шакловитый действительно начал стягивать стрельцов к Кремлю под предлогом сопровождения Софьи на богомолье в Донской монастырь. Среди них тут же пошли слухи, что на деле Петр замыслил захватить Кремль и убить сестру. После чего начальник Стрелецкого приказа заговорил уже о нападении на Преображенское «в наказание за злоумышление» и даже приказал выслать к селу наблюдателей на тот случай, если царь куда-то уедет.

Петр хорошо помнил события семилетней давности. Без долгих сборов он бежал из Преображенского в тот самый Троице-Сергиев монастырь, где прежде скрывались от взбунтовавшихся стрельцов Софья и вся царская семья. Укрыться там ему подсказал Борис Голицын, двоюродный брат князя Василия. Он не просто выбрал сторону Петра, но и стал одним из его ближайших советников. Вместе с царем ночью Преображенское покинули лишь несколько приближенных. На следующий день в монастырь прибыли мать, сестра и жена Петра.

Друг Петра I Франц Лефорт прошел карьерную лестницу от простого офицера до адмирала (грав. П. Шенка, 1698)

Чуть позже у стен монастыря объявился Франц Лефорт, причем не один, а с сильным отрядом. За это, точнее сказать, за то, что он поступил так первым из офицеров-иноземцев, Петр впоследствии произвел его в генералы. Примеру Лефорта последовали и другие офицеры из «немцев». Чуть позже в монастырь пришел стрелецкий Сухарев полк, вставший на сторону Государя.

Сторонники Софьи к стенам монастыря почему-то не спешили. Через три дня к Петру пришли оба его потешных полка вместе со всей артиллерией и огневыми припасами. 16 августа Петр разослал по стрелецким полкам приказ отправить в Троицу командиров и по десятку рядовых. Шакловитому в этот раз удалось удержать стрельцов, но 27 августа от Петра снова пришел приказ. Теперь уже всем войскам велено было идти к нему.

Пять полков подчинились царскому повелению, проигнорировав запрет Шакловитого. Это означало, что перевес сил был теперь на стороне Петра. Более того, в начале сентября к царю перешла наемная иноземная пехота, которой командовал генерал Патрик Гордон. Бояре и чиновники направлялись в Троицу чуть ли не один за другим, чтобы лично выразить царю свою преданность.