К началу 1999 г. к союзу левого большинства в Думе и правительства присоединился Совет Федерации, который в то время формировался из губернаторов и руководителей региональных законодательных органов. В стране, где бюджеты большинства регионов зависели от трансфертов из Москвы, правило «кто платит деньги, тот заказывает музыку» работало очень четко. Как только сформировалось правительство Примакова, стало понятно, что возможности Кремля оказывать на него влияние в решении текущих вопросов крайне ограниченны. Главные решения, в том числе о том, кому и сколько дать денег, стали приниматься в здании правительства. Губернаторы стали все реже посещать Кремль и все чаще приходить к премьер-министру, с которым обсуждали свои проблемы и искали пути их решения.

Хотя до президентских выборов оставалось еще более полутора лет, Ельцин рассматривался многими политиками и экспертами как «хромая утка». У российского президента не было своей политической партии, а увольнение премьера Черномырдина лишило его очевидного «наследника». После тяжелейшего финансового кризиса казалось, что единственной целью Ельцина было тихо досидеть в Кремле до конца своего президентского срока. В этой ситуации прежние союзники от него отворачивались, а политические противники не переставали атаковать «слабеющего зверя». Стоило Ельцину заболеть, его немедленно призывали уйти в отставку по состоянию здоровья или провести конституционное перераспределение обязанностей от президента к правительству. Время от времени даже сотрудники кремлевской администрации признавались, что президент не полностью работоспособен и что в значительной мере от его имени решения принимает «Семья».

К началу 1999 г. стало очевидно, что экономика быстро выходит из кризиса: с одной стороны, принятые в августе 1998 г. тяжелые решения оказались правильным рецептом; с другой – правительство Примакова не стало ломать курс предшественников; более того, оно последовательно реализовывало самые болезненные меры, которые позволяли стабилизировать бюджет (замораживание зарплат и пенсий, сокращение бюджетных расходов). Шок от сурового кризиса прошел, и политики с обеих сторон начали играть на обострение.

Осенью 1998 г. генеральный прокурор Юрий Скуратов инициировал расследование по обвинению в коррупции в отношении руководителей Управления делами Президента РФ и дочери Бориса Ельцина, о чем знали лишь несколько человек. Основанием для расследования стали материалы, переданные швейцарской прокуратурой, говорившие о возможном получении взяток кремлевскими чиновниками на реконструкцию помещений Московского Кремля. Российская прокуратура в рамках международного сотрудничества обратилась в Швейцарию с просьбой о проведении обысков, после чего о расследовании стало известно СМИ. Напуганный активностью Скуратова, Кремль решил отправить генпрокурора в отставку[21], шантажируя того компрометирующими видеозаписями. Подписав заявление об отставке, Скуратов с сердечным приступом попал в госпиталь.

Совет Федерации отказался рассматривать предложение президента об отставке генпрокурора в отсутствие самого чиновника. Через месяц, когда Скуратов вышел из госпиталя, выступая в Совете Федерации, он сообщил о давлении Кремля на него и о вынужденном характере своего заявления. Голосование стало одним из самых крупных поражений Бориса Ельцина – лишь шесть голосов из 178 были поданы «за» при 142 – «против», но это лишь усилило желание Кремля убрать Скуратова. Скандальную видеозапись показали по государственному телеканалу, против генпрокурора было возбуждено уголовное дело