Понимание языка как системы знаков появилось в ХХ в. благодаря Ф. де Соссюру (1857–1913), а в России – И. А. Бодуэну де Куртенэ (1845–1929), предшественникам направления структурной лингвистики62. Идеи Фортунатова и Бодуэна развивали их ученики – В. А. Богородицкий (1857–1941), Л. В. Щерба (1880–1944) и другие ученые, не являвшиеся по основной специальности востоковедами, хотя некоторые из них занимались тюркскими и финно-угорскими языками.

В первой половине ХХ в. наибольший вклад в развитие лингвистической теории на материале восточных языков внесли Е. Д. Поливанов (в основном японист, китаист и тюрколог, владевший глубокими познаниями во многих других языках, 1891–1938), А. А. Драгунов (китаист, 1900– 1955), Н. Ф. Яковлев (кавказовед, 1892–1974) и Н. В. Юшманов (арабист, 1896–1946). В эмиграции работал крупнейший лингвист-теоретик Н. С. Трубецкой (1890–1938), начавший свои исследования по славянским и кавказским языкам в кругу идей Фортунатова в Москве. В его главный труд «Основы фонологии» (первое немецкое издание 1939 г., русское – 1960 г.) был включен большой материал восточных языков. Отдельные истолкования материала африканских языков предложил П. С. Кузнецов (1899–1968), один из создателей Московской фонологической школы, знавший санскрит и свободно говоривший на суахили, хотя по основной специальности русист. Синтаксическую типологию разрабатывал для данных языков Сибири, Кавказа и других И. И. Мещанинов (1883–1967, также исследователь памятников урартского языка) – ученик и преемник Н. Я. Марра, позже фактически отдалившийся от его учения63.

Упомянутая выше работа по созданию письменности у малых народов СССР способствовала выяснению отношений между звуками речи и их передачей на письме, а также уточнению системы фонем в языках. Оригинальная работа Н. Ф. Яковлева, основанная на правилах определения фонемного состава языка, посвящена принципам разработки алфавита64. Н. В. Юшмановым была впервые применена латиница в грамматике арабского языка, что в сочетании с очерком арабской фонетики дает более ясное представление о существующих в нем грамматических чередованиях фонем (включая также словообразование).

В теории языка остро стоит вопрос о том, какие единицы, категории и правила являются универсальными, свойственными всем языкам, а какие – обусловлены определенными системными характеристиками данного языка. В ХХ в. Бодуэном и другими теоретиками были введены понятия морфемы – минимальной единицы, наделенной значением, и фонемы – обобщенной единицы с функциями формирования звукового состава морфемы и различения разных морфем (в иной формулировке вместо морфемы говорилось о слове)65. При этом одни лингвисты определяют морфему как часть слова, а другие – независимо от слова, признавая тем самым возможность одноморфемных слов.

В ХХ в. при описании фонетики восточных языков использовались концепции Ленинградской фонологической школы, восходящей к Бодуэну и Щербе, и Московской фонологической школы. Московская школа и Н. С. Трубецкой вводят особую единицу в качестве объединения автоматически чередующихся звуков, тогда как школа Щербы признает автоматическое чередование самостоятельных фонем. Сами же чередования принадлежат морфонологии – дисциплине, в которой рассматривается фонологическая структура морфем и слов и их контекстно обусловленная вариативность. Одним из первых опытов сопоставления неродственных языков в области морфонологии стала работа Н. В. Юшманова о чередованиях согласных в языках хауса, нивхском и картвельских