В соответствии с ч. 3 ст. 12 Федерального закона от 29 апреля 2008 г. № 58-ФЗ положения ч. 2 и 3 комментируемой статьи не применяются, если пользование участком недр федерального значения осуществляется лицом, которому право пользования данным участком недр было предоставлено до дня вступления в силу данного Закона. Согласно ч. 3^>1 ст. 12 Федерального закона от 29 апреля 2008 г. № 58-ФЗ (в ред. Федерального закона от 2 мая 2015 г. № 121-ФЗ) положения ч. 3 комментируемой статьи не применяются в отношении участка недр, право пользования которым предоставляется в целях разведки и добычи полезных ископаемых месторождения, открытого в результате проведения работ по геологическому изучению недр на участке недр федерального значения, расположенном в Балтийском море, если право пользования участком недр в целях геологического изучения недр было предоставлено до дня вступления в силу данного Закона.

В части 2 комментируемой статьи установлено требование к пользователями недр на участках недр федерального значения, за исключением участков недр федерального значения континентального шельфа России и участков недр федерального значения, расположенных на территории России и простирающихся на ее континентальный шельф: таковыми могут быть юридические лица, созданные в соответствии с законодательством РФ, т. е. российские организации. При этом сделана оговорка «если Правительством РФ в соответствии с настоящим Законом не установлены дополнительные ограничения допуска к участию в аукционах на право пользования такими участками недр созданных в соответствии с законодательством РФ юридических лиц с участием иностранных инвесторов». Указанное полномочие Правительства РФ закреплено во введенной тем же Федеральным законом от 29 апреля 2008 г. № 58-ФЗ части 2 ст. 13^>1 комментируемого Закона (после изложения указанной статьи полностью в новой редакции это часть 3 этой статьи).

В отношении создания и ликвидации коммерческой организации с иностранными инвестициями в ст. 20 Федерального закона «Об иностранных инвестициях в Российской Федерации» (в ред. Федерального закона от 8 декабря 2003 г. № 169-ФЗ[184]) предусмотрено следующее: создание и ликвидация коммерческой организации с иностранными инвестициями осуществляются на условиях и в порядке, которые предусмотрены Гражданским кодексом РФ и другими федеральными законами, за изъятиями, которые могут быть установлены федеральными законами в соответствии с п. 2 ст. 4 данного Закона (п. 1); юридические лица, являющиеся коммерческими организациями с иностранными инвестициями, подлежат государственной регистрации в порядке, определяемом федеральным законом о государственной регистрации юридических лиц (п. 2).

Федеральным законом от 4 ноября 2019 г. № 355-ФЗ с 3 февраля 2020 г. часть 2 комментируемой статьи дополнена положением, предусматривающим, что Правительством РФ в интересах обеспечения обороны страны и безопасности государства по представлению федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по выработке и реализации государственной политики в области обороны, и (или) федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности могут быть установлены дополнительные требования к созданным в соответствии с законодательством РФ юридическим лицам с участием иностранных инвесторов, которые вправе осуществлять геологическое изучение участков недр федерального значения внутренних морских вод и территориального моря России в целях поиска и оценки месторождений нефти, газа и газового конденсата. Первым из указанных федеральных органов исполнительной власти в соответствии с п. 1 Положения о Министерстве обороны Российской Федерации, утв. Указом Президента РФ от 16 августа 2004 г. № 1082 «Вопросы Министерства обороны Российской Федерации»