За время действия Кодекса в него неоднократно вносились изменения, в том числе:

Федеральным законом от 5 августа 2000 г. № 116-ФЗ внесены изменения, направленные на совершенствование финансового регулирования и правовых основ функционирования бюджетной системы России;

Федеральным законом от 8 августа 2001 г. № 126-ФЗ[9] внесены изменения, связанные с введением нового налога – налога на добычу полезных ископаемых;

Федеральным законом от 29 мая 2002 г. № 57-ФЗ[10] внесены изменения и дополнения, направленные на устранение юридико-технологических неточностей;

в соответствии с Законом о Банке России изменена предусмотренная в п. 2 ст. 193 Кодекса дата представления Банком России в Государственную Думу проекта основных направлений единой государственной денежно-кредитной политики на очередной финансовый год;

Федеральными законами от 24 июля 2002 г. № 104-ФЗ[11], от 24 июля 2002 г. № 110-ФЗ[12], от 7 июля 2003 № 117-ФЗ[13], от 11 ноября 2003 г. № 147-ФЗ[14], от 11 ноября 2003 г. № 148-ФЗ[15] и от 23 декабря 2003 г. № 186-ФЗ[16] вносились изменения в ст. 48 Кодекса, предусматривавшую регулирующие доходы бюджетов. Данные изменения, как и сама ст. 48 Кодекса, утратили силу в связи с принятием Федерального закона от 20 августа 2004 г. № 120-ФЗ «О внесении изменений в Бюджетный кодекс Российской Федерации в части регулирования межбюджетных отношений»[17], которым в Кодекс также внесена система поправок по следующим направлениям: уточнение разграничения бюджетных полномочий между органами власти разных уровней; уточнение бюджетного устройства и общих принципов организации бюджетной системы России; разграничение налоговых доходов между бюджетами разных уровней бюджетной системы России; установление порядка разграничения расходных обязательств между уровнями бюджетной системы России; регулирование предоставления межбюджетных трансфертов; установление порядка осуществления бюджетных полномочий органов государственной власти субъектов РФ (ОМСУ) при введении временной финансовой администрации; уточнение порядка кассового обслуживания исполнения бюджетов бюджетной системы России;

Федеральным законом от 7 июля 2003 г. № 123-ФЗ[18] внесены изменения, направленные на разграничение полномочий России, ее субъектов и ОМСУ в сфере обеспечения государственных гарантий на получение гражданами бесплатного общего образования, а также на уточнение порядка финансирования государственных и муниципальных общеобразовательных учреждений;

внесенные Федеральным законом от 8 декабря 2003 г. № 158-ФЗ[19] изменения в ст. 24, 158 и 160 Кодекса направлены на то, чтобы сохранить возможность для государства в лице Президента РФ определять в особых случаях главным распорядителем средств федерального бюджета, помимо органов государственной власти, особо значимые государственные бюджетные учреждения науки, образования и культуры;

в соответствии с Федеральным законом от 23 декабря 2003 г. № 184-ФЗ[20] Кодекс дополнен положениями, определяющими механизм формирования и использования средств Стабилизационного фонда РФ;

цель изменений, внесенных Федеральным законом от 20 августа 2004 г. № 111 – ФЗ[21], состоит в создании бюджетных условий для формирования рынка доступного жилья, обеспечивающих заинтересованность ОМСУ в предоставлении земельных участков для жилищного строительства и финансовой базы для их подготовки инженерно-коммунальной инфраструктурой в период до разграничения государственной собственности на землю;

Федеральными законами от 23 декабря 2004 г. № 174-ФЗ