Таким образом, Бонапарт давал Клеберу «карт-бланш» на заключение мира с турками и англичанами при условии эвакуации французской армии из Египта.

В том же приказе Наполеон откровенно врал: «Правительство вызвало меня в свое распоряжение». На самом деле Директория меньше всего желала видеть Бонапарта в Париже.

Между тем для очищения Египта в Сирии уже была сформирована 80-тысячная турецкая армия.

30 декабря 1799 г. турки взяли форт Эль-Ариш. Это вынудило Клебера подписать 21 января 1800 г. Эль-Аришскую конвенцию, по которой французские войска должны были быть перевезены во Францию на своих или турецких судах.

Согласно англо-французскому Амьенскому миру 1802 г. Египет возвращался Турции, но турецкий султан так и не смог восстановить здесь свою власть. Сначала ему мешали обосновавшиеся в Египте англичане, не желавшие выпускать из своих рук этот «лакомый кусочек». Под давлением Франции и других европейских держав англичанам все же пришлось эвакуировать свои войска из Египта, но они, пытаясь привлечь на свою сторону мамлюкских беев, передали им власть, рассчитывая через них управлять страной.

В марте 1804 г. население Каира восстало против мамлюков. Повстанцев поддержало и возглавляемое Мухаммедом Али албанское ополчение, присланное султаном еще во время войны с французами. Мамлюки были изгнаны из Каира, население которого признало власть султана, приславшего в Египет своего нового наместника – пашу. Заместителем паши был назначен командир корпуса албанских ополченцев албанец Мухаммед Али.

Искусно используя вражду турок и мамлюков, Мухаммед Али старался опереться на новые силы в Египте: купечество, ремесленников и прогрессивную часть духовенства во главе с шейхом Омаром Макрамом. Способный полководец, Мухаммед Али ввел в своем корпусе строгую дисциплину, чем завоевал популярность египетского населения, страдавшего от грабежей и насилий турок. Турецкий же паша и его янычары установили в Каире полный произвол, ничем не отличавшийся от мамлюкского беззакония.

В мае 1805 г. население Каира восстало против турецких властей, изгнав пашу и янычар. А каирские шейхи во главе с Омаром Макрамом провозгласили Мухаммеда Али правителем Египта. Порта была вынуждена утвердить это решение, признав Мухаммеда Али наместником султана, египетским пашой.

Фактически Мухаммед Али добился независимости от Порты. В Египте действовало самостоятельное правительство, свои министерства, построенные по европейскому образцу. Страна имела свой бюджет, свои законы, свою сильную армию.

В феврале 1807 г. в ходе англо-турецкой войны 9 тысяч британских пехотинцев под командованием генерала Александра Фрейзера были посажены на суда и отправились в Египет.

20 марта 1807 г. у Александрии появился британский флот в составе 6 кораблей, 2 бригов и 33 транспортов. Англичанам удалось занять Александрию.

Однако вторжение внутрь страны кончилось для англичан печально. Они 21 апреля 1807 г. были разлиты у Розетты. Уцелевшие британские войска вернулись в Александрию.

Мухаммед Али осадил Александрию, но стал заигрывать с англичанами. Он разрешил доставку продовольствия в Александрию морем и предложил англичанам гарантию безопасности их путей в Индию в обмен на признание независимости Египта от Османской империи.

Англичане отказались признать независимость Мухаммеда Али, опасаясь, что это усилит влияние России на Средиземном море. Тем не менее Мухаммед Али вернул британских пленных, и 25 сентября 1807 г. англичане, несолоно хлебавши, эвакуировались из Александрии обратно в Сицилию.