Каррель получил положительные отзывы представителей больницы Джона Хопкинса, которые сделали все возможное, чтобы он остался работать в их учреждении. К сожалению, инфраструктура, поддерживающая медицинские исследования, тогда только начала развиваться в Америке, и лаборатории в «Хопкинсе» только строились. Однако Каррелю сделали другое предложение. В то время прикладывались немалые усилия для создания институтов, специализирующихся на медицинских исследованиях, которые были бы построены по модели европейских. Эти институты должны были нанести американскую медицину на общемировую карту. Национальные институты здравоохранения США в то время существовали, но работали как маленькая лаборатория и не выдавали исследовательских грантов вплоть до окончания Второй мировой войны. Именно тогда два баснословно богатых бизнесмена, Джон Д. Рокфеллер и Эндрю Карнеги, решили потратить значительную часть своего состояния на поддержку медицинских исследований. В сентябре 1906 года патологоанатом Симон Флекснер, первый директор Рокфеллеровского института, пригласил Карреля в новейшие лаборатории на берегу Ист-Ривер в Нью-Йорке.

В Рокфеллеровском институте Каррель провел несколько выдающихся хирургических экспериментов, включая операции на кровеносных сосудах и различные трансплантации. В области трансплантологии он проделал буквально все возможное. Он осуществил пересадки селезенок, щитовидных желез, кишок и ушей (кровь к ним поступала от наружной сонной артерии). Каррель провел множество пересадок лап между собаками, сшивая сосуды и закрепляя кости на нужном месте. Возможно, самой важной его операцией стала пересадка почек. Сначала он довел до совершенства аутотрансплантацию почек у собак (извлекая почку и возвращая ее на место), а затем перешел к пересадке почек между двумя разными животными. Он размышлял о редких долгосрочных положительных результатах и пришел к выводу, что трансплантаты, полученные у близких родственников, почему-то приживаются лучше. Поразительно, но Каррель задумался о том, что могло бы стать следующим шагом на пути к превращению пересадки органов в клиническую реальность: он решил, что донорский орган или самого реципиента можно как-то подготовить к пересадке. В 1912 году он получил Нобелевскую премию за «признание работы по сосудистому шву и трансплантации кровеносных сосудов и органов».

Вскоре после этого Джеймс Мерфи, работавший в лаборатории будущего нобелевского лауреата Фрэнсиса Пейтона Роуса, опубликовал статью, в которой говорилось, что лимфоциты[32] могут «отторгать» опухоли и прекращать их рост, когда эти опухоли пересаживают от одного эмбриона цыпленка к другому. Это было первое объяснение отторжения трансплантата, и Каррель это понял. Более того, Мерфи доказал, что если облучать мышей и крыс или вводить им бензол, то их лимфоидная ткань повреждается, число лимфоцитов снижается (а следовательно, и активность иммунной системы), и пересаженные опухоли приживаются. Каррель мысленно совершил следующий шаг и сделал вывод, что облучение реципиентов или воздействие на них химикатами вроде бензола могут продлить работу пересаженного органа.

Летом 1914 года, когда он приехал во Францию отдохнуть, разразилась Первая мировая война. К сожалению, идея о подготовке реципиентов и роли лимфоцитов в отторжении трансплантатов оказалась забыта до 1950-х годов.

Когда Германия объявила войну Франции, Каррель обрадовался: он любил военные действия и чувствовал, что Франция слаба. По его мнению, именно война могла очистить души французов. Каррель был особенно заинтересован в лечении ран, и он познакомился с американским химиком Генри Дакином, которого попросил изготовить эффективный антисептический раствор для промывания ран, полученных на поле боя. Каррель же разработал замысловатую и причиняющую много боли систему для перфузии ран, которая впоследствии перестала применяться из-за своей сложности. Раствор Дакина, слегка модифицированный, используется сегодня для обработки открытых ран.