В 1649 году, после казни в Лондоне короля Карла I, царь Алексей Михайлович лишил английских купцов всех владений и привилегий. С. М. Соловьев в «Истории России с древнейших времен» приводит текст царского повеления: «Вам, англичанам, со всем своим имением ехать за море, а торговать с московскими торговыми людьми всякими товарами, приезжая из-за моря, у Архангельского города; в Москву же и другие города с товарами и без товаров не ездить. Да и потому вам, англичанам, в Московском государстве быть не довелось, что прежде торговали вы по государевым жалованным грамотам, которые даны вам по прошению государя вашего английского Карлуса короля для братской дружбы и любви; а теперь великому государю нашему ведомо учинилось, что англичане всею землею учинили большое злое дело, государя своего Карлуса короля убили до смерти: за такое злое дело в Московском государстве вам быть не довелось»[9].

Территория бывшего Английского подворья вместе с палатами и со всеми дворовыми строениями стала собственностью боярина Н. А. Милославского. После его смерти палаты вновь перешли в собственность государства и отданы сначала Посольскому приказу, а в конце XVII века – подворью нижегородского митрополита. При Петре I здесь была организована одна из первых в России Арифметических школ. Заслуги Петра по созданию в России учебных заведений отметил Феофан Прокопович в «Похвальном слове, произнесенном в пятьдесят второй день рождения всепресветлейшего и державнейшего Петра Великого»: «Что не видим цветущее, а прежде сего нам и неведомое, – не все ли то его заводы? Возведи еще, Российский Сионе, очи твои и виждь умножающияся учения свободныя, математическия, медицинския, инженерския, артилерския, геометрическия, навегатския, их же прежде не токмо не имела еси, но ниже о именах их слышала. Что ни видим цветущее, а прежде сего нам и неведомое, не все ли то его заводы? Что же реши о арифметике, геометрии и прочих математических искусствах, которым ныне дети российские с охотою учатся, с радостью навыкают, и полученная показывают с похвалою, тая прежде было ли? Не ведаю, во всем государстве был ли хотя один цирклик, а прочаго орудия и имен не слыхано: а если бы где некое явилося арифметическое или геометрическое действие, то тогда волшебством нарицано»[10].

Первый российский император возобновил дипломатические отношения с Англией, и торговая Английская компания под новым именем (Русская компания) открыла свою резиденцию в Петербурге. Русские купцы оказались в невыгодном положении. В одном из коллективных донесений в Сенат они с тревогой писали: «Иностранные торговые компании приобрели в России права наравне с подданными и имеют в торговых городах России своих факторов или комиссионеров, кои, будучи временно записаны в гильдии, производят торговлю внутри государства иностранными товарами, обратили к распродаже оных преимущественно большую часть российского купечества. В настоящее время весьма немного осталось торговых домов, которые выписывали бы за свой счет иностранные товары»[11].

С середины XVIII века здание Старого Английского подворья переходило от одних владельцев к другим. Палатами владели представители разных богатых купеческих фамилий – Солодовниковых, Милас и др. Каждый раз хозяева перестраивали старинное здание на свой вкус. В результате к началу XX века палаты почти утратили свой первоначальный облик.

В советское время здания Старого Английского двора использовались под жилые квартиры и различные учреждения. С 1949 по 1966 год здесь находилась Библиотека иностранной литературы. Палаты Английского подворья долгое время были скрыты пристройками более позднего времени. В 1960-х годах для плановой застройки Зарядья были снесены каменные здания вокруг бывшего Английского двора. В результате реставратор П. Д. Барановский обнаружил за поздними наслоениями памятник архитектуры XVI века и настоял на его сохранении. Именно Барановский ценой собственного здоровья – его посадили в тюрьму де-факто за излишнюю критику власти – не позволил И. В. Сталину снести собор Василия Блаженного.