В июле 1994 г. определением Военной коллегии Верховного суда России приговор от 19 декабря 1954 г. участникам группы Абакумова был переквалифицирован на злоупотребление властью при наличии особо отягчающих обстоятельств.

17 декабря 1997 г. постановлением Президиума Верховного суда Российской Федерации В.С. Абакумов был реабилитирован по части инкриминировавшихся ему деяний: измена Родине, участие «в сионистском заговоре», затягивании следственных дел. Но в то же время он не был реабилитирован по обвинениям в нарушениях социалистической законности, в частности – фальсификации т. н. дел «авиаторов» (1946), «Еврейского антифашистского комитета» (1948), «Ленинградского дела» (1949).

В постановлении Президиума Верховного суда Российской Федерации по делу Абакумова, в частности, отмечается: «Как видно из материалов уголовного дела, Абакумов, Леонов, Лихачёв, Комаров и Броверман признаны виновными в том, что, будучи ответственными должностными лицами Министерства государственной безопасности СССР, в течение длительного времени систематически злоупотребляли властью, что выразилось в фальсификации уголовных дел и применении незаконных мер физического воздействия при производстве предварительного следствия. Указанные нарушения повлекли за собой особо тяжкие последствия – привлечение к уголовной ответственности многих невиновных граждан. В частности, Абакумов, находясь на руководящей работе в органах государственной безопасности, выискивал малозначительные материалы на отдельных ответственных работников партийного и советского аппарата, арестовывал их, а затем применял недопустимые и строжайше запрещённые действующим законодательством методы следствия, вместе со своими подчинёнными добивался от арестованных вымышленных показаний о якобы совершённых ими особо опасных контрреволюционных преступлениях».

Однако большинство современных исследователей придерживаются мнения, что инициатива появления этих «дел» принадлежала «Инстанции», то есть высшему советскому руководству, в руках которого Абакумов оказался и послушным исполнителем, и заложником одновременно.

И, как писал И.А. Серов[24], дело «банды Абакумова» проходило под его контролем, в отличие от «дела Берии». В результате организованной Серовым «чистки» военной контрразведки, не скомпрометированными остались лишь трое из числа тридцати двух начальников фронтовых управлений контрразведки Смерш: Н.И. Железников, Д.И. Мельников и П.И. Ивашутин.

Понятно, что подобная дискредитация руководящих кадров ГУКР «Смерш» не могла не повлиять на восприятие в обществе не только образа военной контрразведки, но и органов госбезопасности в целом. С чем приходится сталкиваться и поныне.

Бывший руководитель Департамента военной контрразведки ФСБ России А.Г. Безверхний, говоря о В.С. Абакумове, отмечал, что было бы неправильным писать его портрет только одной краской, белой или черной. Это сложная, противоречивая личность, которую невозможно оценить одномерно.

Как бы ни показалось это парадоксальным, но борьбу с нарушениями сотрудниками МГБ СССР социалистической законности в марте 1953 г. начал сам Л.П. Берия.

При реформировании 5 марта 1953 г. Министерства внутренних дел СССР, в состав которого были включены и подразделения упраздненного МГБ, заместителями министра Л.П. Берии были назначены С.Н. Круглов[25], Б.З. Кобулов, И.А. Серов. Одновременно, помимо этого министерского поста, Берия был назначен заместителем председателя Совета министров СССР Г.М. Маленкова и избран членом Президиума ЦК КПСС.