На основании выявленных Центральной комиссией многочисленных фактов нарушения принципов и норм ведения следствия в КГБ СССР, КГБ союзных и автономных республик, управлениях КГБ по краям и областям были образованы аналогичные комиссии с участием работников Прокуратуры СССР для пересмотра следственных и уголовных дел, наделенные правом пересмотра решений несудебных «двоек» и «троек», действовавших в 1937–1938 гг. В результате работы этих комиссий вскрывались многочисленные факты нарушения законности в ходе следствия и необоснованного привлечения к уголовной ответственности граждан, что влекло пересмотр их дел, снятие обвинений либо смягчение формулировок обвинения с досрочным освобождением осужденных.

В Москве такая комиссия для пересмотра уголовных дел в отношении лиц, осужденных за контрреволюционные преступления и содержащихся в лагерях, тюрьмах и колониях МВД СССР, находящихся в ссылке и на поселении, под председательством и.о. прокурора области П.И. Маркова была образована 29 мая 1954 г. Рабочий аппарат комиссии насчитывал 120 сотрудников: 98 человек – работники судов, следователи прокуратуры, в том числе 40 следователей и оперативных сотрудников УКГБ по гор. Москве и Московской области; и 22 технических работника, в том числе 10 из них от УКГБ.

Как сообщалось 28 декабря 1955 г. секретарю Московского областного комитета КПСС И.В. Капитонову в итоговом докладе о результатах работы комиссии, с июня предыдущего года было рассмотрено 4365 следственных дел на 5039 осужденных. По итогам их пересмотра по 1767 делам на 1960 человек были приняты решения об изменении ранее вынесенных приговоров: в связи с амнистией, уголовно-правовой переквалификацией составов преступлений, сокращением сроков наказания, частичной или полной реабилитацией. При этом 352 бывших осужденных были реабилитированы полностью.

Однако работа по пересмотру архивных следственных дел сотрудниками УКГБ по Москве и Московской области продолжалась и в последующие годы. Например, в отчете в МГК КПСС о результатах работы управления № 11/67 от 31 января 1958 г. сообщалось, что «закончена проверка по 1332 делам на 1887 человек», по итогам которой было принято решение о прекращении дел на 803 обвиняемых, находились в стадии проверки на 1 января еще 90 архивных следственных дел на 136 человек.

Как докладывал Президиуму ЦК КПСС 29 апреля 1955 г. Прокурор СССР Р.А. Руденко, по результатам проведенной комиссиями работы были пересмотрены уголовные дела на 237 412 осужденных (более половины из них), при этом было отказано в смягчении наказания 125 202 осужденным.

В то же время были отменены приговоры или прекращены уголовные дела в отношении 8973 человек, что означало их реабилитацию, были освобождены из мест лишения свободы 21 797 человек, отменена ссылка 1371 осужденному. Помимо этого были сокращены сроки наказания 76 344 осужденным и в отношении 2891 из них были переквалифицированы обвинения на менее тяжкие составы преступлений[65].

Подчеркнем и следующие важные обстоятельства: по вскрывавшимся в процессе пересмотра уголовных дел фактам, а также по результатам следствия в отношении высокопоставленных работников органов госбезопасности, началось выявление и привлечение к ответственности лиц, непосредственно виновных в грубых нарушениях социалистической законности[66].

В связи с выявленными в процессе пересмотра уголовных дел многочисленными фактами нарушений социалистической законности, в конце 1955 г. была образована Комиссия Президиума ЦК КПСС