Руководителей института вызвали в НКВД, сказали, что чекисты считают институт засоренным чужими людьми. Академик Варга запротестовал. Тогда его повели к Ежову, сказав ему, что Варга считает НКВД помехой в работе.

«Ежов рассердился, сказав, что мы забываем призывы великого вождя и учителя гениального Сталина к высокой бдительности… Среди сотрудников – эмигрантов и бывших за границей, – наверное, имеются завербованные американской, английской, французской и другими контрразведками и агенты фашистского гестапо. Ежов приказал немедленно представить на каждого всестороннюю характеристику и особый список близко соприкасавшихся с Зиновьевым, Каменевым, Сафаровым, Радеком, Бухариным…»

Руководство академического института пыталось отстоять свое право заниматься своим непосредственным делом. Академик Варга не понимал, что наступают новые времена, что предстоит тотальная чистка и именно поэтому на первые роли выдвинут Николай Иванович Ежов.

«Нас вызывал Ежов, – вновь записывает в дневник профессор Соловьев. – Щуплый, несколько суетливый и неуравновешенный, он старался держаться начальственно. Он сказал, что мы должны помогать ему в раскрытии контрреволюционного подполья. Варга возразил, что мы научная организация, а не охранный орган. Ежов нервно напомнил, что наш институт наполнен темными личностями, связанными с заграницей, значит, тесно связан с органами охраны, вылавливающими шпиков и заговорщиков.

Варга возмутился, сказал, что институт никогда не будет разведывательным филиалом, просил не мешать заниматься научной работой. Ежов рассердился и потребовал представить секретные характеристики на каждого сотрудника с подробным указанием его деятельности и связей с заграницей…»

Уверенный в себе Варга, не желая покоряться, пошел в ЦК жаловаться на Ежова. Он был уверен, что его поддержат и велят Ежову оставить его в покое.

«Бауман сказал, что он не судья члену политбюро, и повел к Жданову, – записывает Соловьев. – Узнав суть жалобы, Жданов позвонил т. Сталину. Скоро пришел т. Сталин. Спросил Варгу, чем его обидел Ежов. Варга ответил: ничем, но требует не свойственной институту работы.

Тов. Сталин нахмурился, но спокойно объяснил. Вероятно, Варга не представляет всей трудности работы Ежова. Он сказал, что Варга, несомненно, большой уважаемый ученый, много помогает ЦК, СНК, Коминтерну, его очень ценят, но он недостаточно ясно понимает всю сложность современной внутриполитической обстановки. А от этого выигрывает враг. Мы ушли, поняв, что надо выполнять требования Ежова…»

1 февраля 1935 года Ежова избрали секретарем ЦК.

Секретарей ЦК, помимо Сталина, было всего трое: Жданов, работавший в Ленинграде, Каганович, больше занимавшийся наркоматом путей сообщения, и Ежов, который фактически и ведал всеми партийными делами. Сталин вызывал к себе Ежова чаще других членов партийного руководства, доверял ему, ценил его надежность, безотказность и преданность. Чаще Сталин принимал только Молотова, главу правительства и второго человека в стране.

По указанию Сталина Ежов понемногу влезает в дела НКВД. Сталин, осторожничая, не любил напрямую давать органам всякого рода сомнительные поручения, предпочитал передавать их через кого-то. В последние годы его жизни это будет Берия. В середине 30-х годов эту роль исполняет Ежов, который объясняет чекистам, что и как следует делать.

26 сентября 1936 года Николая Ивановича назначили наркомом внутренних дел вместо Ягоды. Ежов сохранял все свои партийные должности, оставался секретарем ЦК и председателем Комиссии партийного контроля. Но политбюро обязало его «девять десятых своего времени отдавать НКВД».