Лозунгом повстанцев стала защита православия, причем казакам покровительствовал князь Острожский. Наливайко базировался в его владениях, совершая набеги на униатов. Но и этот мятеж подавили. Наливайко и его полковников Лободу и Мазепу взяли в плен и подвергли в Варшаве особо изощренной казни, изжарили в медном быке. А против казаков вводились дополнительные меры. Шляхте Киевского, Брацлавского и Волынского воеводств был поручен надзор за казаками, приказывалось арестовывать всех подозрительных, разгонять любые группы, хотя бы и по 5–6 человек, прекратить всякие сношения Украины и Запорожья. Но выступления против унии не прекращались, были бунты в Добровнице, Остре, Брацлаве, Корсуни. Сейм издал постановление «О своеволии Украины», предписывая «беспощадные кары» за любые «эксцессы». И Сигизмунд решил покончить с казачеством. Издал указ об уменьшении реестра до 1 тыс. человек. Планировалось направить войска и разорить Сечь. Но неумная политика короля перессорила Польшу со всеми соседями – Турцией, Швецией, Крымом, Россией, вызвала оппозицию знати. И проект уничтожения Сечи остался не реализованным.

Многие историки допускают серьезнейшую ошибку, рассматривая казаков в XVI–XVII вв. как какую-то одну категорию людей. Но, как уже отмечалось, на Украине в ту эпоху слово «казак» имело три значения. А на Руси… четыре! Были «природные» казаки: донские, терские, волжские, яицкие. Но издавна многие казаки осели в русском приграничье, да и у природных казаков основным заработком была военная служба. И постепенно термин «казак» распространился на любых вольных людей, нанимающихся в царское войско или гарнизоны городов – если они служили не в стрелецких частях. В документах такую категорию выделяли как «служилых» или «городовых казаков», что, по сути, было синонимом слова «солдат» (напомню, этого термина в России еще не существовало). Служилыми казаками становились выходцы не только из казачьей среды, но и из крестьян, горожан. Они получали жалованье 4–5 руб. в год (сумма немалая, корова стоила 2 руб.), 12 четвертей ржи и столько же овса, участок земли, освобождались от налогов.

Служба их была пожизненной и потомственной. Они сводились в десятки, сотни. И командный состав имел чины десятников, пятидесятников, сотников, голов. Позже чин головы сохранился только у стрельцов и дворянской конницы, а у служилых казаков был заменен на «атаман». Но это был не выборный пост, а воинское звание, означавшее командира пяти сотен (и жалованье 9 руб.) Слобода, где жили служилые казаки, существовала и в Москве, ее следы сохранились в названиях нескольких Казачьих переулков.

Французский капитан Маржерет, служивший в России, писал о служилых и природных казаках: «Лучшая пехота… состоит из стрельцов и казаков… они есть в каждом городе, приближенном на 100 верст к татарской границе, смотря по величине имеющихся там крепостей по 60–80, более или менее, и до 150, не считая приграничных городов, где их вполне достаточно. Затем есть казаки, которых рассылают зимой в города по ту сторону Оки, они получают равную со стрельцами плату и хлеб, сверх того император (царь) снабжает их порохом и свинцом. Есть еще другие казаки, имеющие землю и не покидающие гарнизонов. Их наберется от 5 до 6 тыс. владеющих оружием. Затем есть настоящие казаки, которые держатся в татарских равнинах вдоль таких рек, как Волга, Дон, Днепр и другие, и часто наносят гораздо больший урон татарам, чем вся русская армия. Они не получают большого содержания от императора, разве только, как говорят, свободу своевольничать, как им вздумается. Они располагаются по рекам числом от 8 до 10 тыс., готовясь соединиться с армией… Половина из них должна иметь аркебузы (пищали), по 2 фунта пороха, 4 фунта свинца и саблю. Остальные… должны иметь лук, стрелы, саблю или нечто вроде рогатины… когда зовут на войну, шлют им порох, свинец, жалованье 7—10 тыс. руб. Они приводят первых пленников, за что награждаются сукном на платье или деньгами…»