13-го августа 1786 года, с соизволения Св. Синода, о. Пахомий постриг послушника Прохора в сан инока. Восприемными отцами его при пострижении были о. Иосиф и о. Исаия. При посвящении ему было дано имя Серафим (пламенный). 27-го октября 1786 года монах Серафим, по ходатайству о. Пахомия, был посвящен преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона. Он вполне предался новому своему, поистине уже ангельскому, служению. Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и девяти месяцев, почти беспрерывно находился в служении. Все ночи на воскресные и праздничные дни проводил в бодрствовании и молитве, неподвижно стоя до самой литургии. По окончании же каждой Божественной службы, оставаясь еще надолго в храме, он, по обязанности священнодиакона, приводил в порядок утварь и заботился о чистоте Алтаря Господня. Господь, видя ревность и усердие к подвигам, даровал о. Серафиму силу и крепость, так что он не чувствовал утомления, не нуждался в отдыхе, часто забывал о пище и питье и, ложась спать, жалел, что человек не может служить Богу беспрерывно, подобно Ангелам.

Строитель о. Пахомий теперь еще более прежнего привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы. Когда он выезжал по делам монастыря или для служения, один или с другими старцами, то часто брал с собою о. Серафима. Так, в 1789-м году, в первой половине июня месяца, о. Пахомий с казначеем о. Исаией и иеродиаконом о. Серафимом отправились по приглашению в село Леметь, находящееся в 6-ти верстах от нынешнего города Ардатова, Нижегородской губ., на похороны богатого благодетеля своего, помещика Александра Соловцева, и заехали по дороге в Дивеево навестить настоятельницу общины Агафию Семеновну Мельгунову, высокочтимую всеми старицу и также благодетельницу свою. Мать Александра была больна и, получив от Господа извещение о скорой кончине своей, просила отцов-подвижников, ради любви Христовой, особоровать ее. О. Пахомий сперва предлагал отложить елеосвящение до возвращения их из Лемети, но святая старица повторила свою просьбу и сказала, что они ее не застанут уже в живых на обратном пути. Великие старцы с любовью совершили над нею таинство елеосвящения. Затем, прощаясь с ними, мать Александра отдала о. Пахомию последнее, что имела и накопила за года подвижнической жизни в Дивеево. По свидетельству жившей с нею девицы Евдокии Мартыновой своему духовнику, протоиерею о. Василию Садовскому, матушка Агафья Семеновна передала строителю о. Пахомию: мешочек золотом, мешочек серебром и два мешка меди, суммою в 40 тысяч, прося выдавать ее сестрам все потребное в жизни, так как они сами не сумеют распорядиться. Матушка Александра умоляла о. Пахомия поминать ее в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц ее, а также попещись в свое время об обители, обетованной ей Царицею Небесною. На это старец о. Пахомий ответил: «Матушка! Послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь; также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а в прочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим – духовность его тебе известна, и он молод – доживет до этого; ему и поручи это великое дело».

Матушка Агафья Семеновна начала просить о. Серафима не оставлять ее обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.