Были обстоятельства, объясняющие меру влияния Сильвестра на воспитанника. Достигнув совершеннолетия, Иван IV далеко не сразу приноровился к роли самодержца. Дела управления не давались ему. Казалось, что он попал не на свое место.

Сильвестр был тем человеком, который помог Ивану осознать свою роль. В своих посланиях пастырь благословлял избранного Богом монарха, «самодержца вечна, православныя веры истиного наставника, на Божиа враги крепкого борителя, Христовы церкви столпа неколебимого». Священник внушал Ивану мысль о его исторической миссии, состоявшей в защите и утверждении истинной веры по всему свету. Покорение Казани, учил Сильвестр, есть лишь исполнение Божественной воли, «зело бо хощет сего Бог, дабы вся вселенная наполнилася православия».

Сильвестр выражал убеждение, что московский царь осенен той же благодатью, что и Константин Великий, утвердивший христианство в Византии. Самодержец всея Руси Иван «Божиею благодатию уподобися царю Костянтину, тою же царскою багряницею обложен есть, те же правоверния хоругви в руку своею благо-честно содержит».

Послание Сильвестра царю было написано, бесспорно, под впечатлением победы над Казанью. Учитель старался внушить самодержцу, что его ждут громкие победы над неверными: «…и поклонятца тебе все царие земстии и вси языци поработают тебе».

После великого московского пожара 17-летний Иван дал Сильвестру первое личное поручение. Священник должен был восстановить роспись кремлевских соборов, пострадавшую от огня. Сильвестр вызвал иконописцев из родного города и, «до ложа царя государя», велел им браться за дело. Стены Золотой палаты покрылись нравоучительными картинами, изображавшими юношу царя в образе то справедливого судьи, то храброго воина, то щедрого правителя, раздающего нищим золотники. Средствами живописи Сильвестр надеялся оказать воздействие на эмоции воспитанника и вскоре преуспел в этом.

Священник вел беседы и писал послания Ивану, посвященные разнообразным темам. Одной из них была тема «содомского греха». Царь не должен позволять своим придворным и дьякам «в такое безстудие уклонятца»: «искорениши… содомский грех и любовников отлучиши, без труда спасешися».

Сильвестр старался убедить царя в том, что ему нужно новое, благонравное и беспорочное окружение, достойное великих деяний. И пожар, и междоусобица, и заблуждения людские – все это ниспослано Богом в наказание за грехи. «И тебе, великому государю, – увещевал пастырь, – которая похвала в твоей великой области множество Божиих людей заблудша? И на ком то вся взыщет?»

Государю пора осознать свою ответственность за все непотребства, происходящие в царстве: «Вся сия законопреступления хощет Бог тобою исправити».

Мысль о божественном происхождении царской власти много значила для Ивана. Он никогда бы не простил советнику обличений, если бы не это обстоятельство. Церковь сыграла выдающуюся роль в обосновании политической теории самодержавия.

С1549 года вместе с Избранной радой, куда входили А. Ф. Адашев, митрополит Макарий, А. М. Курбский, протопоп Сильвестр, Иван IV осуществил ряд реформ, направленных на централизацию государства: Земскую реформу, Губную реформу, провел преобразования в армии. В 1550 году был принят новый судебник, который ужесточил правила перехода крестьян – размер пожилого был увеличен. В 1549 году был созван первый Земский собор. В 1555–1556 годах Иван IV отменил кормления и принял Уложение о службе.

При Иване Грозном был запрещен въезд на территорию России еврейских купцов. Когда же в 1550 году польский король Сигизмунд-Август потребовал, чтоб им был дозволен свободный въезд в Россию, Иоанн отказал в таких словах: «в свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперед о Жидех к нам не писал», поскольку они русских людей «от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили и пакости многие людям нашим делали».