Ему приходилось страдательно наблюдать, как через полгода после смерти его матери и восстановления боярского регентства Шуйские упрятали в тюрьму Ивана Вельского и убили дьяка Федора Мишурина; «не любя того, что он за великого князя дела стоял»; а затем (в начале 1539 г.) вынудили московского митрополита Даниила оставить сан и уйти в монастырь «за то, что он был в едином совете с князем Иваном Вельским». На его место был поставлен митрополит Троицкий игумен Иоасаф. Он оказался человеком независимым и, выбрав время (летом 1540 г.), настоял на освобождении Вельского. Благодаря этому диктатура Шуйских прекратилась и как будто бы восстановилась деятельность регентства. Покушения татар на московские границы от Казани (зимой в конце 1540 г.) и от Крыма (летом 1541 г.) погасили было боярские ссоры и напрягли энергию московского правительства на защиту государства. Но когда опасность миновала, Шуйские взялись за старое. Князь Иван Васильевич Шуйский всю вторую половину 1541 года находился во Владимире с войсками против казанских татар. Там он и подготовил переворот, опираясь на преданные ему отряды войска. Его отряд в ночь на 3 января 1542 года ворвался в Москву и произвел ряд насилий. Князь И. Вельский был схвачен и сослан на Белоозеро в тюрьму, где вскоре потом убит. Его друзья были разосланы по городам. Митрополит Иоасаф от страха ночью прибежал в покои великого князя, но бояре с Шуйским нашли его и там, при государе, подвергли оскорблениям и, вытащив оттуда, сослали в Кириллов монастырь. Вместо него митрополитом был наречен и поставлен архиепископ Новгородский Макарий. В Москве опять настало засилье Шуйских; но самый видный из них, князь Иван Васильевич, теперь сошел со сцены, по-видимому пораженный болезнью. Вместо него действовали Шуйские старшей линии этого рода – князья Андрей и Иван Михайловичи и князь Федор Иванович Скопин-Шуйский. Первенствовал Андрей (дед будущего московского царя Василия Шуйского). Прошло года полтора под властью Шуйских, пока не назрел решительный перелом в московской смуте. В сентябре 1543 года Шуйские при государе и митрополите «у великого князя на совете» учинили насилие над Федором Семеновичем Воронцовым «за то, что его великий князь жалует и бережет». Его чуть не убили и пощадили только «для государева слова», потому что Иван очень просил за него. Но все-таки Воронцова с сыном против государевой воли сослали на Кострому. При этом случае бояре во дворце оскорбили митрополита Макария, порвав на нем мантию. Насилие над Воронцовым переполнило меру терпения Ивана. Ему было уже 13 лет. Он ненавидел Шуйских, как своих постоянных обидчиков, и решился на мщение за их обиды, вероятно подстрекаемый и со стороны боярами. Прошло три-четыре месяца после случая с Воронцовым, и около 1 января 1544 года Иван «велел поимати первосоветника их» князя Андрея Михайловича и «веле предати псарем, – и псари взяша и убиша его, влекуще к тюрьмам». Люди, которые не верили, чтобы такое деяние могло исходить от малолетнего государя, говорили о князе Андрее, что «убили его псари у Куретных ворот повелением боярским, а лежал наг в воротех два часа».

Смертью князя Андрея окончилось время Шуйских. Официальная московская летопись говорит, что, погубив «первосоветника», великий князь сослал его брата князя Федора Ивановича и других членов их правящего кружка, – «и от тех мест начали бояре от государя страх имети и послушание». Регентство окончилось, все главнейшие лица, введенные в него великим князем Василием, уже сошли с земного поприща, не было в живых ни Михаила Глинского, ни Ивана Вельского, ни Василия и Ивана Шуйских. Оставались только второстепенные или недеятельные сановники вроде князя Дмитрия Федоровича Вельского и М.Ю. Захарьина. Они не владели волей Ивана. Ближе всех к Ивану были его дяди Юрий и Михаил Глинские с их матерью, бабушкой Ивана, княгиней Анной. Эта семья и получила влияние на дела при великом князе, еще не созревшем для управления. Скрываясь за подраставшим государем и не выступая официально, Глинские совершили много жестокостей и насилий и очень дурно влияли на самого государя. Годы 1544–1546 были временем Глинских, и об этом времени в народе сохранилась плохая память. О Глинских говорили, что «от людей их черным людям насильство и грабеж, они же их от того не унимаху». Выросший и физически окрепший Иван выказывал дурные склонности, мучил животных, бесчинствовал, «собравши четы юных около себя детей», и даже покушался «всенародных человеков, мужей и жен, бити и грабити, скачуще и бегающе всюду неблагочинне». Окружавшие его «ласкатели», то есть Глинские, не только не унимали его, но и похваливали, говоря, что «храбр будет сей царь и мужествен». Пользуясь его склонностью к озорству, они «подучали» его на опалы и казни. Так говорят нам современники. И действительно, в эти годы Иван с чрезвычайной легкостью ссылает и казнит людей, по-видимому, за малые вины, и притом не разбирая, к какому кругу боярскому они принадлежат. Страдают люди стороны Шуйских в той же мере, как их недруги и противники. Всего показательнее судьба Федора Семеновича Воронцова. Выше было указано, что в 1543 году Ф. Воронцова государь «жаловал и берег», Шуйские же его сослали. По смерти Андрея Шуйского государь «опять его в приближении у себя учинил»; а в 1546 году Федор Воронцов был казнен вместе со сторонником Шуйских князем Иваном Кубенским по общему на них обоих доносу, к тому же доносу лживому. Таковы были первые шаги Грозного после уничтожения гласной опеки Шуйских под негласной опекой Глинских. Нет ничего удивительного в том, что кровь и грабежи сверху вызвали бунт и кровь снизу. В 1547 году после больших московских пожаров толпа погорельцев убила одного из Глинских, князя Юрия, и, пришедши «скопом ко государю» в село Коломенское, пыталась требовать выдачи государевой бабки, княгини Анны, и другого дяди Ивана, князя Михаила. Государь их не выдал, и они уцелели. Но имущество Глинских было погромлено, и их людей «бесчисленно побита; много же и детей боярских незнакомых побита из Северы, называючи их Глинского людьми». Этим погромом ненавистной семьи закончилось время Глинских и вместе с тем завершился первый период юности Грозного. Иван перешел в другую полосу своей жизни.