Наполеон приказал убрать в парк эти восемь 24-фунтовых орудий. Им были приняты все меры для того, чтобы организовать артиллерию, и менее чем в шесть недель он собрал 100 орудий большого калибра – дальнобойных мортир и 24-фунтовых пушек, в изобилии снабженных снарядами. Он организовал мастерские и пригласил на службу нескольких артиллерийских офицеров, ушедших с нее вследствие революционных событий. Между ними был и майор Гассенди, которого Наполеон назначил начальником марсельского арсенала. На самом берегу моря Наполеоном были построены две батареи, названные батареями Горы и Санкюлотов, что после оживленной канонады вынудило корабли противника удалиться и очистить малый рейд. В этот начальный период в осадной армии не было ни одного инженерного офицера. Наполеон должен был действовать и за начальника инженерной службы, и за начальника артиллерии, и за командира парка. Каждый день он отправлялся на батареи.

14 октября осажденные в числе 4000 человек сделали вылазку с целью овладеть батареями Горы и Санкюлотов, беспокоившими их эскадры. Одна колонна прошла через форт Мальбоске и заняла позицию на полдороге от Мальбоске к Олиулю. Другая шла вдоль морского берега и направлялась на мыс Брега, где были расположены эти батареи. Когда был открыт огонь, Наполеон поспешил на передовые позиции вместе с Альмейрасом, адъютантом Карто, прекрасным офицером, впоследствии дивизионным генералом. Он уже успел внушить войскам такое доверие, что, как только они его увидели, солдаты стали единодушно и громко требовать от него приказаний. Таким образом, по воле солдат он стал командовать, хотя при этом присутствовали генералы. Результаты оправдали доверие армии. Противник сначала был остановлен, а затем отброшен к крепости. Батареи были спасены. С этого момента Наполеон понял, что представляют собой коалиционные войска. Неаполитанцы, составлявшие часть этих войск, были плохи, и их всегда назначали в авангард.

На восточной стороне, у Лапуапа, происходили ежедневные стычки с постами противника, расположенными на обращенных к нему склонах Фарона. 1 октября он их оттеснил, взошел на гору, но был остановлен фортом, а спустя несколько часов отброшен назад и вынужден вернуться в лагерь. 15 октября он оказался более счастливым и, атаковав высоту мыса Брен, после ожесточенной схватки овладел ею.

В конце сентября в Олиуле собрался военный совет для решения вопроса, с какой стороны вести главную атаку – с восточной или с западной? С местности, занимаемой дивизией Лапуапа, или оттуда, где стоит дивизия Карто? Было высказано единодушное мнение, что следует атаковать с запада и главный осадный парк сосредоточить в Олиуле. С восточной стороны Тулон прикрыт фортами Фарон и Ла-Мальг, с западной же стороны находился только один форт Мальбоске, представлявший собой лишь простое полевое укрепление. Вторично совет заседал 15 октября. На нем обсуждался присланный из Парижа план осады. Его составил генерал д’Арсон и одобрил инженерный комитет. В плане предполагалось, что армия состоит из 60 000 человек и имеет в изобилии всю необходимую материальную часть. В нем выражалось пожелание, чтобы осадная армия сначала овладела горой и фортом Фарон, фортами Руж и Блан, фортом Сент-Катрин, а затем заложила траншеи напротив середины обвода Тулонской крепости, пренебрегая как фортом Ла-Мальг, так и фортом Мальбоске. Но форт Фарон был сильно укреплен противником, а окружающая местность была такова, что строить траншеи здесь было нелегко. Впрочем, при таком способе действий операции затянулись бы само собой, дав осажденным время подтянуть подкрепления, которых они только и ожидали, чтобы заставить снять осаду и захватить Прованс.