На церемонию коронации Фридрих II явился в сопровождении верных ему архиепископов Палермо и Капуи. Однако они не могли венчать его на царство, ибо, согласно чину Священного коронования, принятому в Святой земле, церемонию коронации должен был провести лично патриарх Иерусалимский или же его делегат. Между тем патриарх отклонил императорское приглашение. Поэтому вместо патриарха мессу отслужил «брат-священник» Тевтонского ордена Приснодевы Марии. Император Фридрих сам взял в руки лежавшую на алтаре корону королей Иерусалимских и возложил ее на свою главу «в честь и во славу Предвечного Царя» (предвосхитив аналогичный поступок Наполеона I Бонапарта при короновании последнего императором французов).

При коронации Фридриха II королем Иерусалимским в 1229 г. рыцарям Тевтонского ордена была дарована почетная привилегия нести охрану Гроба Господня (ранее дарованная госпитальерам-иоаннитам). Из-за своей безоговорочной поддержки своевольного императора из династии Штауфенов Тевтонский орден попал в сложную ситуацию. Впрочем, в 1230 г. папское отлучение с римско-германского императора было снято, а патриарх Святого Града (пусть и задним числом) подтвердил его титул короля Иерусалимского.

Глубоко уязвленный враждебным отношением к нему иерусалимских знати и клира, Фридрих Гогенштауфен в скором времени опять отбыл в Аккон, а оттуда, через Кипр, в Италию, где наголову разгромил войска папских сторонников гвельфов. В борьбе с противниками своей власти Фридрих действовал не менее безжалостно, чем его древнеримские предшественники. Всякое непокорство он воспринимал как нарушение своих священных прав и немедленно вводил в действие свою беспощадную сарацинскую гвардию. До нас дошел один из приказов, отданный императором Фридрихом II начальнику этой гвардии, направленной им против мятежного итальянского города Гаэты:

«Доверяя вашей искренней и стойкой верности, которую Мы при всех обстоятельствах считаем надежной, сочли Мы за благо поручить вам ведение войны против Гаэты и отмщение как городу, так и его жителям, изменившим Нам. Повелеваем вам, под страхом лишения вас Нашего благоволения, подступив к городу, прежде всего незамедлительно и со всей непреклонностью уничтожить все виноградники и плодовые сады. После чего надлежит вам, в целях приведения всей области к покорности, днем и ночью неукоснительно пребывать при метательных машинах, камнеметах и катапультах. По взятии города надлежит вам всех знатных горожан и лиц благородного звания, которых там найдете, ослепить, отрезать им носы и выгнать вон из города нагими. Женщинам же также отрезать носы для позора, после чего отпустить. Всех детей мужеского пола, которых там найдете, оскопить, после чего дозволить им остаться в городе. Вам также надлежит разрушить до основания городские стены, башни и дома, кроме церквей и домов священнослужителей, коим вы не должны причинять никакого вреда. Когда весть о каре распространится по миру, то да содрогнется каждый изменник в душе и да проникнется страхом».

Наконец, произошло примирение императора Фридриха II с папой римским, который по договору от 23 июня 1230 г. снял с него церковное отлучение. Патриарху Иерусалимскому было дано указание отменить все еще сохранявший силу интердикт (запрет на отправление церковных треб), наложенный на принявший Фридриха Святой Град. Папа римский Григорий IX также признал договор, заключенный между Фридрихом II и султаном аль-Камилем, призвал к себе противившихся римско-германскому императору Великих Магистров орденов иоаннитов и тамплиеров и дал им поручение всеми силами обеспечивать в Святой земле спокойствие и порядок. Султан честно соблюдал условия мирного договора, однако оба рыцарских ордена не делали этого в областях, на которых действие этого договора не распространялось. Вследствие общего для тамплиеров и иоаннитов недоверия к императору Фридриху Гогенштауфену (основу армии которого составляли 5000 конных сарацинских наемников, поселенных им в апулийском городе Лучеро, где император-вольнодумец даже воздвиг для них мечети с минаретами, с которых муэдзины ежедневно призывали мусульман к молитве!), оба ордена, вопреки договору, договорились о совместных военных действиях против мусульман.