В апреле 1941 года Сергея Савченко утвердили заместителем наркома госбезопасности Украины. В мае 1943 года он стал наркомом госбезопасности, в марте 1944-го получил специальное звание – комиссар госбезопасности 3-го ранга. Его главной задачей стала борьба с националистическим подпольем, имевшим в западноукраинских землях крепкие корни. Это была настоящая война, долгая и кровавая.

В аппарате госбезопасности на Западной Украине служило двадцать тысяч человек. В основном это были приезжие, которые не знали ни языка, ни местных условий. Чекистско-войсковые операции не всегда имели успех, потому что оуновцы, более мобильные, уходили от удара. Чекисты действовали безжалостно. Сомнительные элементы высылали вместе с семьями. Некоторые села, признанные «бандитскими», сжигали.

«Имели место совершенно недопустимые случаи, – говорилось в постановлении политбюро ЦК компартии Украины от 10 января 1945 года, – когда отдельные бойцы и офицеры органов НКВД и НКГБ, не разобравшись, применяют репрессии – жгут хаты и убивают без суда отдельных граждан, которые совершенно непричастны к бандитам, чем дискредитируют себя и органы советской власти».

Оуновцы иногда переодевались в чекистскую форму и устраивали показательные расправы, чтобы отвратить людей от советской власти. Так же действовали и чекисты, которые выдавали себя за бандеровцев.

15 февраля 1949 года военный прокурор Украинского округа войск Министерства внутренних дел доложил в ЦК:

«Министерством госбезопасности Украинской ССР и его управлениями в западных областях Украины в целях выявления вражеского, украинско-националистического подполья широко применяются так называемые спецгруппы, действующие под видом бандитов УПА…

Грубо-провокационная и неумная работа ряда спецгрупп и допускаемые их участниками произвол и насилие над местным населением не только не облегчают борьбу с бандитизмом, но, наоборот, усложняют ее, подрывают авторитет советской законности и, бесспорно, наносят вред делу социалистического строительства в Западных областях Украины.

Например:

В марте 1948 г. спецгруппа, возглавляемая агентом МГБ «Крылатым», дважды посещала дом жителя села Грицки Дубровицкого района Ровенской области Паламарчука Гордея Сергеевича, 62 лет, и, выдавая себя за бандитов УПА, жестоко истязала Паламарчука Г.С. и его дочерей, обвиняя их в том, что они «выдавали органам МГБ украинских людей». «Крылатый» и участники его группы подвергли их пыткам, подвешивали, вливали им в нос воду и, тяжко избивая, заставили дочерей дать показания, что они были связаны с участниками украинского националистического подполья…

На основании полученных таким провокационным путем «материалов» Дубровицким РО МГБ Паламарчук З.Г. и Паламарчук А.Г. были арестованы, причем, как заявили арестованные, сотрудники райотдела МГБ во время допросов их так же избивали, заставляли продолжительное время стоять на ногах и требовали, чтобы они дали показания о связи с бандитами…

В ночь на 22 июня 1948 г. спецгруппой МГБ из села Подвысоцкое Козинского района Ровенской области был уведен в лес местный житель Котловской Федор Леонтьевич, которого участники спецгруппы подвергали пыткам, обвиняя его в том, что у него в доме часто останавливаются работники из числа совпарт-актива, и в том, что якобы он выдавал органам советской власти бандитов.

Эти провокационные действия преследовали цель путем истязаний и угрозы лишения жизни заставить Котловского дать показания, что он является врагом советской власти. В результате истязаний Котловский находился на излечении в больнице с 27 июля по 27 августа 1948 г. По заключению больницы, Котловскому Ф.Л. были нанесены тяжелые телесные повреждения с явлениями сотрясения мозга и омертвлением мягких тканей тела…