В своей религиозной политике Анастасий был менее успешен. Подлинно набожный человек, во время правления предыдущего императора он проводил регулярные теологические семинары в соборе Св. Софии. Однако позднее Анастасий стал склоняться к монофизитству и патриарх Евфимий отказался венчать его на царство до тех пор, пока кандидат в императоры не подпишется под заявлением о приверженности православию. Анастасий, искренне веривший в то, что он строго придерживается решений Халкидонского собора, подписал это заявление без колебаний, но недруги императора сразу же обвинили его в том, что он пожертвовал своими принципами во имя политической выгоды. Наиболее крупной фигурой среди них был Лонгин, считавший, что Анастасий занимает на троне его место. Вскоре он собрал вокруг себя толпу смутьянов, в основном исавров, которые устроили в городе беспорядки. В результате возникли пожары, уничтожившие несколько самых красивых зданий Константинополя. В 492 г. Лонгин был арестован и выслан, но периодические потасовки в городе продолжались. Лишь с большим трудом удалось восстановить порядок, после чего все исавры были изгнаны из столицы – в том числе семья Зенона. В Константинополе наконец воцарилось спокойствие, хотя в Анатолии война с исаврами продолжалась еще три года.

Другим постоянным источником беспокойства являлось разделение населения на две соперничающие группировки – Синих и Зеленых. Их названия происходили от цветов, в которые были одеты две основные команды возниц. Лидеры группировок назначались правительством, поскольку оно возлагало на эти объединения важные обязанности, в том числе функции охраны порядка и поддержания в должном состоянии оборонительных укреплений. Во всех основных городах империи Синие и Зеленые существовали как две полуполитические партии, которые иногда создавали совместные отряды местной милиции. В этот период Синие в основном представляли собой партию крупных землевладельцев и старой греко-римской аристократии, тогда как Зеленые числили в своих рядах представителей торгового сословия, промышленников и чиновников. Многие члены этой последней группы вышли из восточных провинций, где монофизитская ересь была особенно распространена. Таким образом, Синие постепенно стали ассоциироваться с православием, Зеленые же – с монофизитством. Анастасий сначала старался сохранять беспристрастность, однако вскоре инстинктивные устремления в сторону монофизитства привели его в лагерь Зеленых.

Враждебность между двумя димами (как они сами себя называли) неуклонно возрастала на протяжении всего времени его правления. Она достигла своего пика в 511 г. и вылилась в беспорядки, которые едва не привели к низложению императора. Анастасию шел уже девятый десяток, и его монофизитские симпатии стали очевидными для всех. Патриарх Евфимий, обвиненный в поддержке исавров, был выслан из города; его преемник Македоний, кротчайший из людей, постепенно стал понимать, что с правителем невозможно вести общие дела. Дело дошло до критической точки, когда Македония обвинили в разжигании мятежа в соборе Св. Софии – на деле же то была намеренная провокация монофизитов. Жители Константинополя, разъяренные несправедливыми обвинениями, выдвинутыми против патриарха, двинулись к императорскому дворцу, но, к счастью для Анастасия, Македоний немедленно объявил, что поддерживает его.

Вся эта история не стала для императора полезным уроком – он был слишком стар, чтобы менять убеждения. Македония выслали из Константинополя, и в ноябре 512 г. вспыхнул еще более серьезный мятеж. И тут Анастасий проявил себя должным образом. Появившись в цирке перед двадцатью тысячами разъяренных подданных, он медленно снял с головы диадему. Император сказал им, что готов сложить с себя бремя власти; все, о чем он их просит, – назвать имя его преемника. Если же народ предпочтет, чтобы именно он продолжал исполнять свои обязанности, то более у них никогда не будет повода для беспокойства. Высокий, убеленный сединами, император все еще оставался очень красивым человеком, а голос его был уверенным и убедительным. Постепенно шум стих, ситуация благополучно разрешилась. На протяжении длительного правления Анастасия было еще множество других угроз миру и спокойствию империи, однако ни одна из них не имела серьезных последствий.