Восстания достигло такого размаха, что угрожало существованию польской власти в регионе. Крестьяне в массовом порядке показачивались. Поляки срочно собрали войско под командой С. Жолкевского (коронного гетмана, т. е. главнокомандующего войсками Речи Посполитой, будущего активного участника русской Смуты) и бросили его против восстания. Казаки начали отступать через Подолию, и под Белой Церквью Наливайко соединился с запорожцами.

В марте 1596 г. в урочище под Острым Камнем Жолкевский догнал казаков. В тяжелом бою был убит казацкий полковник Сасько Федорович. Казаки избрали гетманом Наливайко. Казаки переправились через Днепр и устремились к Переяславлю, где были спрятаны жены и дети участников восстания, а затем намеревались найти укрытие в пределах Московского государства. Под Лубнами в урочище Солоница 25 мая 1596 г. казацкий табор был осажден поляками. Среди восставших начались разногласия, и лидер запорожцев Лобода был убит. После двух недель сопротивления казаки были вынуждены капитулировать.

Жолкевский обещал амнистию, если казаки выдадут предводителей, артиллерию и казну. Но затем поляки вероломно напали на безоружных и перебили множество народу. Наливайко после страшных пыток четвертовали в Варшаве, остальные девять предводителей восстания тоже были казнены. Только небольшой отряд запорожцев под командой Кремпского на быстроходных чайках ушел в Запорожье.

Восставшие выдвигали своим требованием распространение казацких вольностей не только на реестровых, но и на других казаков, а также обеспечения свободного прохода в Запорожье. Одновременно впервые казаки выступили с более широкими заявлениями, в том числе – религиозными, заняв открыто враждебную унии позицию. Широкая поддержка населением восстания показала, что из узко сословных казацкие интересы все больше превращались в национальные, а казаки – в политических лидеров Украины.

Подавление казацкого восстания открыло путь для провозглашения церковной унии. В октябре 1596 г. в Бресте для торжественного объявления про объединение церквей был созван собор. В нем участвовали экзархи константинопольского и александрийского патриархов, епископы, духовенство и миряне православные и униатские.

Собор раскололся на два – один враждебный унии, другой – состоящий из ее сторонников. Униатские епископы вместе с католическим духовенством и польскими комиссарами заседали в соборной церкви Бреста. Сторонники православия вынуждены были собраться в частном доме т. к. Потий приказал закрыть все церкви в Бресте.

Обе партии привели с собой вооруженное ополчение своих сторонников. Причем перевес на стороне православных оказался так велик, что привел в ужас приверженцев унии. Несмотря на это, после продолжительных совещаний епископы провозгласили унию и предали проклятию всех протестующих. В свою очередь Никифор, как экзарх Константинопольского патриарха, провозгласил декрет о низложении перешедших в унию епископов, и предал проклятию всех сторонников унии.

Король остался на стороне униатов, и уния была объявлена законной, равно как и права епископов-униатов. Напротив, православие юридически объявлялось нелигитимным на территории Речи Посполитой.

После объявления Брестской унии начинается новый этап борьбы за православие. Поражение казацкого восстания усложняло ситуацию. Уния теперь активно распространялась как путем проповеди, так и путем насилия. В начале 1597 г. константинопольский экзарх Никифор, присутствовавший на Брестском соборе, был обвинен в шпионстве, посажен в крепость и там умер.