Судебник 1550 г. и решения Стоглавого собора 1551 г. придали правовую форму изменениям в местной организации власти и судебном устройстве. Приговор царский о кормлениях и службе 1556 г. стимулировал дальнейшее развитие реформы местной власти, судоустройства и судопроизводства на всей территории страны. Городские и сельские общества стали избирать губного старосту, при котором учреждалась Губная изба, включавшая штат должностных лиц, участвующих в отправлении возложенных на них функций. В каждой волости или городе выбирали обычно по два или три губных старосты. В выборах принимало участие все население уезда: дворянство, духовенство, городские, посадские и волостные люди. Кандидатами на эту должность рекомендовались «лутчие» люди, которые «к тому [делу] пригожи, душей прямы, животом [имуществом] прожиточны и в грамоте горазды»[325]. Списки кандидатов представлялись в Разбойный приказ. При наличии разногласий относительно избираемых лиц, особенно судей, или каких-либо изъянов в их репутации последнее слово было за ним. Смещать выбранного губного старосту с должности запрещалось, на что имелось прямое указание царя: «…а которые старосты нашу службу служат и от службы их отставити не мочно».
Н. Н. Ланге высказал предположение, что поскольку нет документов, свидетельствующих о срочном ограничении полномочий губных старост, то они, по всей вероятности, были несменяемыми и могли отправлять свою службу в течение всей жизни, если не были замечены в каких-либо противоправных деяниях[326]. В состав Губной избы кроме старост входили: выборные (излюбленные) судьи и дьяки (они могли быть как выборными, так и назначаемыми), в руках последних сосредоточивалось все делопроизводство. В ведении губного старосты находились также и десятские, пятидесятские и сотские. Эти чины обязаны были следить за порядком на вверенной их попечению территории, а также содействовать судебным органам в отправлении ими своих полномочий.
После замены наместников губными и земскими учреждениями (середина и вторая половина XVI в.) судебные функции первых постепенно перешли к губным и земским старостам и излюбленным судьям (сначала по делам о разбое, а потом и прочим преступлениям, кроме политических). Губные старосты и судьи почти никогда не решали дела единолично. Суд, как правило, был коллегиальным с большим или меньшим составом судей. Суды при рассмотрении дел привлекали к участию в судебном процессе еще и лиц, обладавших определенным нравственным авторитетом среди населения («лутчих» людей), они назывались судными мужами и избирались из местного населения в расчете на слушание одного или двух-трех дел. Все они при вступлении на должность целовали крест и принимали присягу в
Разбойном приказе. Доходы от судопроизводства поступали непосредственно в казну местных органов власти.
В компетенцию губных органов входили розыск и судопроизводство по таким опасным для государства и общества видам преступлений, как татьба и разбой. Несколько позже к ведению губных судебных органов были отнесены дополнительно: убийство (душегубство), поджог и иные тяжкие преступления. К их ведению было отнесено также устройство тюрем и обеспечение их надежной охраной (сторожами).
Земская реформа была проведена несколько позднее Губной. Земские избы создавались на территориях меньшего размера и, как предполагают некоторые исследователи, в центральных уездах страны; состояли они также из выборных людей и были наделены административными, финансовыми и судебными функциями. Судебные полномочия земского самоуправления в основном ограничивались сферой гражданского судопроизводства и рассмотрением мелких уголовных правонарушений