По мере увеличения территории государства и развития хозяйственно-административных функций дворцовая система приобретала сложную бюрократическую организацию. Появлялись новые отделы, подотделы, которые получали самостоятельную компетенцию, они выделялись из старых и получали наименование приказов.

Система приказов как органов центрального управления при великом княжении Ивана III еще не сложилась, но первые ее признаки уже начали появляться. Сам термин «приказ» возник из отдельных поручений великого князя, обычно адресованных какому-либо дьяку, которому «приказывалось» выполнение определенного дела, а несколько позже даже и заведование отдельной отраслью управления. Первоначально такой приказ получал название по имени лица, которому он предназначался. Например, «приказ дьяка Тимофея». Для выполнения порученного приказа дьяк часто привлекал других людей, вначале на временной основе, а затем они все вместе превращались в постоянно действующий орган, сохранивший свое первоначальное название «приказ» с присоединением прилагательного, определяющего направление его деятельности: Разбойный, Хлебный, Холопий и др.

В целом приказная система сложилась во второй половине XVI в. Приказы создавались по мере необходимости, без какой-либо строгой системы или плана. В некоторых вариантах разросшиеся приказы подразделялись на отделы, которые могли превращаться в самостоятельные органы. При присоединении к России новых территорий создавались новые территориальные приказы: Казанский, Астраханский, Сибирский, Малороссийский и т. д. XVII в. стал веком расцвета приказной системы управления. Количество приказов постоянно менялось[300]. Они не имели четко разграниченной компетенции, поэтому вопросы, отнесенные к их ведению, могли пересекаться с другими приказами и не всегда соответствовали их названию. Так как администрация и суд в это время еще не разделялись, эти приказы были не только административными учреждениями, но и судебными. Кроме этих основных функций они могли иметь и множество других направлений деятельности.

Приказы можно условно разделить на дворцово-финансовые, военные, судебно-административные, областные и ведавшие специальными отраслями управления. Они являлись исполнительными органами, поскольку проводили политику, исходящую от высших органов власти Московского государства. Сформировалась группа приказов, обеспечивающих правопорядок в государстве. Н. С. Чеботарева считает неправомочным выделение в отдельную категорию приказов «судебного управления» (Разбойного, Владимирского, Земского и Челобитного), поскольку, «во-первых, судебные функции по своим направлениям отправляли большинство приказов, и во-вторых, не для всех [вышеперечисленных] приказов судебная функция являлась основной»[301].

Состав приказов не был строго определен. Возглавлял его голова или судья приказа, как правило, из высших чинов: бояр, окольничих, думных дворян или дьяков, а иногда из простых дворян и дьяков. Все зависело от важности данного приказа в общей системе управления. Приказом либо управляло одно лицо, либо в помощь ему назначались товарищи (заместители, помощники). В приказах работал многочисленный канцелярский аппарат из дьяков и подьячих.

В царствование Алексея Михайловича происходят серьезные изменения в политическом устройстве государства. Претерпела изменения приказная система; появились новые приказные учреждения временного и постоянного характера. К временным можно отнести такие из них, как Панихидный приказ, создаваемый на период организации похорон членов царской семьи; приказ боярина Н. И. Одоевского, созданный в 1648 г. для разработки Соборного уложения. Постоянные приказы делились на три большие группы: государственные, патриаршие и дворцовые. Главными среди них становятся: приказ Тайных дел и Счетный приказ. Последний контролировал всю финансовую деятельность в стране, а приказ Тайных дел стал главным над всей приказной системой, осуществляя и надзор за сохранением внутриполитических порядков, в том числе и недопущением противогосударственных слов и дел, Оба они подчинялись непосредственно царю. Все основные государственно-правовые и судебные проблемы стали решаться в основном в приказах.