В начале 30-х годов XVII столетия в Российском государстве началась подготовка медицинского персонала из представителей русского населения. Обучаться медицине изъявили желание, в первую очередь, дети стрельцов и сами стрельцы, а также дети иноземных лекарей, находившихся на службе в России. В 1654 г. в России была открыта первая лекарская школа, рассчитанная на трехлетний срок обучения, где, помимо занятий в школе, лекарские ученики должны были участвовать в сборах целебных трав и работать помощниками лекарей.

Освободившиеся после войны врачи могли заняться частной практикой, которая со временем стала пользоваться большой популярностью даже у таких консервативных слоев населения того времени, как женщины и священники.

Когда же челобитных с просьбами о выдаче лекарств стало слишком много, царем Алексеем Михайловичем был издан указ от 20 марта 1672 г. об учреждении на Гостином дворе Новой аптеки для продажи «всяких лекарств всяких чинов людям». Это была первая в России публичная (в современном понимании) аптека. Для продажи лекарств были установлены верхние границы цен, которые фиксировались в «Уставной книге». Работа аптеки четко регламентировалась, а для аптекарей устанавливалась жесткая дисциплина, к примеру, опоздание или неявка на службу грозили вычетом из жалованья.

Высокий уровень обслуживания и относительная доступность цен сделали Новую аптеку весьма популярной среди зажиточных слоев московского населения. Для простого народа лекарства из аптеки и тем более услуги медиков по-прежнему оставались недоступными. В борьбе со многими болезнями крестьяне прибегали к таким излюбленным средствам, как посещение бани или употребление горячительных напитков.

Большого внимания заслуживают действия Аптекарского приказа в борьбе с моровыми поветриями. В целях предотвращения распространения эпидемий под руководством Аптекарского приказа на дорогах и в городах устраивались заставы и засеки, через которые под страхом смерти не пропускали людей из других местностей. Погребение умерших проходило вдали от жилых мест и питьевых вод. А в тяжкие чумные 1654–1655 гг. изоляции подвергались даже отдельные зараженные дворы, они запирались снаружи и к ним приставляли стрельцов, чтобы инфекция не распространялась по городу. Все эти меры, несмотря на их строгость, были необходимыми и полезными для того времени, так как случалось, что от моровых поветрий люди вымирали целыми селениями.

Приказ Тайных дел по своему названию и специфике отраслевой деятельности был далек от государственного призрения, но на практике имел самое тесное и непосредственное к нему отношение. Он осуществлял надзор за деятельностью Аптекарского двора. Аптекарский двор являлся многофункциональным хозяйственным учреждением и имел на своей территории несколько зданий, в числе которых были различные амбары, избы для жилья, хлебная палата, пивоварня, кухня, кузница и специально построенная палата для кормления людей разных чинов. По описанию И. Е. Забелина, ее длина составляла 10 саженей по Шуйскому переулку, а ширина – 7 саженей. Внутри палаты было установлено 30 столов и 60 скамей. В дневное время помещение освещалось через 14 больших окон, а в холодную погоду отапливалось посредством каменной печи.

В этой палате регулярно проходили кормления нищих, а также раненых и вернувшихся из плена солдат. Одновременное число участников трапезы доходило нередко до 300 человек, а общая сумма накормленных за один день составляла иногда, по словам И. Я. Гурлянда, 2 тыс. человек. Кормления часто сопровождались раздачей милостыни, размер которой не был постоянным и зависел от различных обстоятельств. Так, например, в обычные дни милостыня составляла примерно 1–2 алтына, в дни же праздников и во время поминовения членов царской семьи ее размер доходил до 1 рубля.