В деревнях начинаются погромы помещичьих усадеб, то есть выступления с применением насилия со стороны крестьян. Обнаруживается одна из очень важных проблем нашей жизни: индустриализация осуществлялась, по существу, за счет игнорирования сельского хозяйства. Возникает необходимость серьезной корректировки курса преобразований. Обострение ситуации заставляет государство поставить вопрос об экономических, а, значит, и о политических реформах.

В 1904 году 12 декабря появляется императорский указ «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка». Этот указ содержал некоторые общие положения, которыми должен был руководствоваться министр внутренних дел при разработке проекта об изменениях в государственной жизни. Императорский указ включал в себя пункт шестой: «О веротерпимости», в котором говорилось о том, что в общественную и государственную жизнь России необходимо внести элемент веротерпимости. Форму реализации указа должен был выработать комитет министров. Императорский указ и дал толчок к тому, чтобы в комитете министров поставили вопрос о возможности каких-либо изменений в религиозно-общественной жизни России, а значит, возможно, и в жизни Православной Церкви. На заседание комитета министров был приглашен первенствующий член Синода митрополит Антоний (Вадковский), который имел очень большой вес в комитете министров, к нему с большим уважением относился Витте, а впоследствии и Столыпин. Влияние митрополита Антония было велико еще и потому, что в этот период времени он пользовался благоволением Победоносцева и вдовствующей императрицы Марии Феодоровны. Митрополит Антоний на этом заседании высказался за то, чтобы начала веротерпимости и уравнения конфессий были внесены в русскую религиозно-общественную жизнь, подчеркнув, что гонения на иноверцев несовместимы с духом Православной Церкви, и государство должно видеть свою главную задачу не в ограничении прав иноверцев, а в том, чтобы как можно больше дать возможностей самой Православной Церкви в осуществлении своей деятельности.

В феврале 1905 года по указанию митрополита Антония была составлена записка-меморандум. Она была написана профессорами Санкт-Петербургской Духовной Академии и представляла собой первый за многие десятилетия, исходивший от церковной иерархии, проект возможных преобразований в сфере церковного управления – в связи с общими изменениями в нашей религиозно-общественной жизни. В записке указывалось на то, что если будет четко проведен принцип равенства всех вероисповеданий, то Русская Православная Церковь окажется в худшем положении. Если мусульманам или протестантам нужно создать свое религиозно-просветительское общество – они его организовывают и уведомляют об этом светскую власть. Нужно им открыть больницу, духовную школу, храм – они просто уведомляют об этом власть и спокойно осуществляют свое начинание. Русская же Православная Церковь оказывалась в очень сложном положении, потому что для создания православной больницы, прихода, журнала нужна была не только санкция Синода, но и местной государственной власти. Епархиальный архиерей (как и приходы) не мог полностью контролировать финансовые средства в епархии, все должно проходить через Синод, согласовываться с обер-прокурором.

До 1905 года инославные конфессии тоже должны были многие вопросы координировать с государственной властью. Но если им будет дана свобода, а об этом речь и шла, и митрополит Антоний против этого не возражал, то надо одновременно такую же свободу дать и Православной Церкви, дать ей возможность свободного осуществления по канонам принадлежащих ей функций. Эта записка-меморандум митрополита Антония и стала четким документом, излагающим основные насущные вопросы русской церковной жизни, которые надо было как можно быстрее решать. Записка эта была небольшая, мы остановимся лишь на некоторых основных пунктах. Текст ее недавно был полностью опубликован. В записке указывалось на то, что в ближайшее время необходимо созвать совещание всех архиереев, с участием представителей приходского духовенства и мирян, для обсуждения насущных вопросов русской церковной жизни. При этом подчеркивалось, что представители правительства не должны участвовать в этом совещании. Выражаясь нормальным каноническим языком, это совещание – Поместный Собор. Митрополит Антоний, хорошо понимая, какое раздражение может вызвать у Победоносцева само слово «Собор», не употребляет его, но говорит о нем как о совещании, которое не предполагает внесения в нашу церковную жизнь практику постоянного созыва.