Однако предложение патриарха Иеремии было вежливо отклонено и митрополитом Московским Иовом и Борисом Годуновым. Греческий патриарх, иноязычные архиереи и ученые монахи его свиты, всё это чужеземное православие, сомнительного с точки зрения русского благочестия свойства, казалось тогда на Руси совсем не к месту. Народ уже был научен за 150 лет видеть в греках чужаков, почти еретиков, Московским митрополитам вполне импонировала независимость от заморского патриарха, а царь, легко понукавший своим доморощенным предстоятелем Церкви, боялся и стеснялся поступать так с главой вселенского православия, иностранцем, имеющим связи по всему тогдашнему культурному миру. Иеремию попросили благословить Руси национального патриарха, коим и стал в 1589 г. святитель Иов, и уезжать с миром. Синтеза греческой православной культуры с Восточной Русью вновь не получилось. Духовного подъема деморализованного русского народа, нравственного и культурного его возрождения, которое могли принести с собой греки, не произошло. Греческой Церкви пришлось и дальше страдать в турецкой неволе, а Руси – коснеть в доморощенном невежестве.
В это спокойное время русские люди зализывали раны и наслаждались покоем – не более. Мало кто думал о возрождении отечества. Иностранцы, посещавшие в то время Московию, например Джильс Флетчер, предрекали скорый крах русского общества, не связанного более узами взаимной нравственной ответственности и религиозного долга.
Борис Годунов попытался внешне сплотить распадающееся общество. Он отменил право на переход крестьян от помещика к помещику, обратил свободных слуг, проработавших у хозяина более полугода, в кабальных холопов. Но законы эти плохо соблюдались и вызывали понятное недовольство в простом народе. Из посланных за границу на учебу юношей не вернулся ни один. По стране ходили упорные слухи, что Годунов из неуемного честолюбия, желая расчистить себе путь к престолу, убил царевича Дмитрия Ивановича. После смерти бездетного Федора в январе 1598 г. Борис Годунов действительно согласился на уговоры Собора и взошел на Московский престол, став первым человеком не из Рюриковичей, правившим в Восточной Руси за шестьсот лет.
Царствование его оказалось на редкость несчастливым. С 1601 г. земля в течение трех лет не давала урожая. Начался страшный голод, людоедство, мор. Русское общество, в котором полностью была разрушена гражданская солидарность, не смогло сплоченно противостоять этим бедам. Бояре, чтобы не кормить холопов, прогоняли их со дворов, крестьяне перестали платить подати и оброки царю и дворянам, воины становились грабителями. Размножились разбойные шайки. «Около Москвы начаша ся бытии разбоеве велицыи и человекоубийство на путях и по местам», – писал очевидец.
В народе все были убеждены, что природные несчастья – Божья кара за захват Борисом трона и убийство царевича Дмитрия. И вдруг поползли слухи, что царевич не убит, но жив, что он «обрелся в Литве» и собирает верных людей, чтобы отобрать у честолюбца Бориса «праотеческий престол». Народ переходил к самозванцу бессчетно, воеводы открывали ворота крепостей. Лжедмитрий триумфально въехал в Москву в июне 1605 г. Сам Царь Борис успел умереть за несколько месяцев до того, но его семья была избита и поругана московской толпой: жена отравлена, сын задушен, дочь обесчещена.
Весьма знаменательно, что сын кровавого деспота Ивана не вызывал в великорусском народе никакого отторжения. Да и сам Царь Иван Грозный через двадцать лет после смерти вспоминался с симпатией, как законный и боговенчанный царь, как «царь народолюбец», укротитель жадных бояр. Народ, не пожелавший видеть свою вину в ужасах опричнины, предпочитая забыть свое соглашательство со злом и неправдой в «грозное» время, теперь склонял сердце на сторону Ивана, а не его жертв. О жертвах предпочитали поскорей забыть, а вспоминали только славные дела – «взятие Казани и Астрахани плен», да борьбу Грозного с боярами. Оправдывая и прощая деспота, русские люди оправдывали и прощали свое соучастие в его преступлениях. И это оправдание зла проявилось во всенародном ликовании при встрече Дмитрия Самозванца.