С самого своего вокняжения Иван III начинает присоединение других русских княжеств к своему, переводя их владетельных правителей в положение московских «служебных» князей. Первым было в 1463 г. присоединено княжество Ярославское. Узнав, что Новгород, боясь потерять свою независимость, ведет переговоры с Литвой о переходе под верховную власть её князя, Иван III предпринимает в 1471 г. первый, а в 1478 г. второй поход на Новгород, «как на поганых басурман», разбивает новгородские войска на реке Шелони и, в конце концов, не просто подчиняет Новгородскую землю своей власти, но полностью искореняет всякую ее независимость и самобытность. Он снимает в Новгороде вечевой колокол, казнит 150 лучших новгородских бояр, смещает новгородского архиепископа Феофила, переселяет 18 тысяч новгородских семей, в том числе всё купечество, в московские города и заселяет Новгород московскими людьми. Литва не оказала, да и не могла оказать в тогдашних обстоятельствах Новгороду существенной помощи. Но напуганная новгородским разорением, она еще ближе примыкает к Польше.

Никогда раньше русские князья не совершали таких планомерных жестоких действий в отношении населения других русских городов, никогда не распоряжались гражданами, как скотом, переселяя их тысячами против собственной воли за сотни верст. Массовые казни, тем более по политическим мотивам, были совершенной новостью на Руси. Русское общество было потрясено. Московский князь, объявив себя верховным защитником православного русского народа, вел себя с ним как ордынский хан со своими подданными. Жестокие репрессии Ивана III против новгородцев практически уничтожили это русское сообщество, единственное сохранившееся в целости от домонгольского времени. Новгород стал обычным московским городом. Его простолюдины, сочувствовавшие Москве и не любившие своего боярства, ничего не приобрели от включения Новгорода в Московское государство, но потеряли и вольность и достаток. Через сто лет Иван IV Грозный довершил уничтожение новгородского общества в страшном опричном погроме 1570 года, когда погибли потомки тех, кто пережил 1478 г.

Пример Новгорода заставил тверское боярство не испытывать судьбу, но во главе с архиепископом Вассианом пойти на поклон в Москву. Последний Тверской Великий князь Михаил Борисович убежал в Литву, а Тверь без единого выстрела была включена в Московское государство в 1485 г. В 1489 г. Москва покоряет вольную Вятскую землю.

В 1480 г. ордынский царь Ахмад пытается привести Московского князя к повиновению и отправляется с войском на Москву. Князь Иван встречает его на границе своих владений – на реке Угре. Он отказывается впредь считать себя ордынским вассалом. Ахмад так и не решился вступить в битву с московскими полками. Впрочем, и москвичи не решились перейти реку. Поздней осенью Ахмад увел свои войска назад в Орду, получив известия о беспорядках. В 1502 г. Золотая Орда прекратила своё существование.

Желая заручиться поддержкой сильного христианского правителя и направить его силы против сарацин, император Священной Римской империи Фридрих III в 1489 г. предложил Ивану III королевскую корону, не требуя ни отречения от православия, ни вассальной присяги. Мотивы отказа Ивана поразили императора. «По милости Бога мы и наши предки владели нашей землей с исконных времен, поставление имеем мы от Бога и не нуждаемся в поставлении ни от кого больше». Иван III мыслит себя уже не князем защитником народа, но властителем земли и народа по Божьему произволению.