Сдачу Порт-Артура очень болезненно восприняли в России. Мало кто думал, что армия, которую полагали непобедимой, будет побеждена так скоро и таким противником – «японскими язычниками». «Дураки называли их макаками, а не знали, что мы сами кое-каки», – горько шутили в Петербурге. В неудачах русских войск одни видели предательство, другие – полную неспособность Царя руководить страной. «Правительство японца и того проморгало, да и хозяин у нас… он уж и на Царя больше не похож», – говорили в народе. Начались антиправительственные демонстрации.

Неудачный ход войны не отрезвил Императора. В 1905 г. в царском манифесте говорилось о том, что Россия ведет ее за «господство» на Тихом океане. Лишь трезвомыслящие дипломаты в МИДе отдавали себе отчет в том, что завышенные претензии России могут привести к повторению ситуации 1878 г., когда плоды ее военной победы над Турцией были отобраны коалицией европейских держав, не желавших усиления России. В этих условиях основная забота российской дипломатии состояла в том, чтобы обеспечить их нейтралитет в русско-японском конфликте. В основном это ей удалось, хотя Англия и США продолжали оказывать Японии финансовую поддержку.

Поражение Тихоокеанской эскадры в Желтом море побудило военное командование просить Императора создать 2-ю Тихоокеанскую эскадру из кораблей Балтийского флота и отправить ее на восток. 2 октября 1904 г. вновь образованная эскадра под командованием вице-адмирала Рожественского (1848–1909) вышла из Либавы (ныне – Лиепая в Латвии) и взяла курс на Порт-Артур в обход Африки. Намного более короткий путь через Средиземное море и Суэцкий канал был невозможен. Англия, контролировавшая Египет, как союзница Японии отказалась открыть канал для русской эскадры. Обойдя половину земного шара, через восемь месяцев, в середине мая 1905 г. корабли Рожественского достигли траверза Порт-Артура, уже полгода как занятого японцами.

11–25 февраля 1905 г. произошел страшный бой близ Мукдена. Опять имелось численное превосходство: 297 тысяч русских против 271 тысячи японцев, но Куропаткин допустил угрозу окружения армии. Русская армии, понеся очень большие потери, принуждена была к поспешному и беспорядочному отступлению. В Мукдене в руки японцев попали громадные запасы провианта, госпитали с 1600 нашими ранеными, казармы с японцами, бывшими у нас в плену. Вся долина реки Ляохэ, борьба за которую началась 26 июня 1904 г., оказалась в руках японцев. Путь к Гирину и Харбину был для них открыт. Но японская армия была настолько истомлена, что не могла преследовать русских. Потери убитыми и ранеными с японской стороны определяются в 50 или 60 тыс. человек. Русские потеряли около 80 тысяч. После Мукденского поражения генерал Куропаткин был снят с должности главнокомандующего, вместо него назначен талантливый стратег генерал Николай Петрович Линевич (1838–1908), который отвел русскую армию на север, к укрепленным позициям Сыпингая.

Японская армия выдохлась, а русская армия не была разбита и постепенно восстанавливала силу. Сразу после Мукдена Япония выступила с инициативой начать мирные переговоры, но Николай II отверг это предложение – он ждал перелома в войне, надеялся на эскадру адмирала Рожественского, на решительную победу генерала Линевича.

14–15 мая 1905 г., в девятую годовщину коронации Императора Николая II, произошло морское сражение в Корейском проливе. Японский флот под командованием адмирала Того уничтожил эскадру адмирала Рожественского. Большинство кораблей погибло, многие – со всем экипажем, другие сдались в плен, третьи были интернированы в нейтральных портах. Денежная стоимость погибших судов составила 150–200 млн. рублей. Японский флот понес очень малые потери. С 1789 г. (сражение на Рончесальмском рейде) русский флот не испытывал столь сокрушительных поражений. Русское общество было совершенно деморализовано Цусимской трагедией. В победу теперь никто не верил. В России всё жарче разгорались крестьянские бунты, демонстрации рабочих и молодежи. В японцах многие в русском обществе видели скорее союзника в борьбе с самодержавием, нежели военного врага.