Среди армянской и грузинской интеллигенции в эти же годы распространяются социалистические и автономистские идеи. Грузинский аристократ князь Арчил Джорджадзе стал издавать в 1902 г. в Париже журнал «Сакартвело» с целью объединить грузинскую интеллигенцию вокруг идеи национального возрождения. В апреле 1904 г. в Женеве 26 делегатов различных грузинских общественных групп при поддержке Джорджадзе создают «Революционную партию социалистов-федералистов Грузии». Грузинские социал-демократы не стали объединяться с федералистами, но создали собственную политическую партию в структуре РСДРП, примкнув к ее меньшевицкой фракции. Грузинская общественность требовала восстановления независимости Грузинской Православной Церкви (включенной в 1811 г., через десять лет после присоединения Грузии к России, в состав Церкви Российской) и создания единой Грузинской автономной губернии.
В Армении политический национализм поддерживает Григорианская Церковь, но народа он касался лишь в очень малой степени до того, как в 1895 г. главноначальствующий на Кавказе князь Григорий Сергеевич Голицын (1838–1907) закрыл все армянские школы, а тремя годами позже конфисковал их средства. Массовые волнения среди армян, сопровождающиеся кровопролитием (в том числе под Тифлисом в теракте 14 октября 1903 г., организованном партией «Гнчак», был тяжело ранен князь Г. С. Голицын), вызвал арест имуществ Армянской Церкви в Эчмиадзине в июне 1903 г. (более 112 млн. рублей), произведенный властями из-за подозрения, что из этих средств питается армянское революционно-террористическое движение, выступающее за создание армянского государства, независимого как от Турции, так и от России. Глава Армянской Церкви в России – Патриарх-Католикос всех армян Мкртич I – старец, исключительно почитаемый народом, призвал своих епископов и мирян не подчиняться Императорскому указу о конфискации церковных имуществ. Только когда в 1905 г. арест на имущества Эчмиадзина был снят, волнения среди армян постепенно улеглись.
На Кавказе было мало территорий, где тот или иной народ проживал компактно. Почти всюду народы жили чересполосно. Перспектива создания автономных национальных губерний вызывала столкновения кавказских народов, что не раз приводило к резне и кровопролитию. Имперская администрация как могла сдерживала эти конфликты и не давала хода автономистским устремлениям, но любое ослабление власти приводило к вспышкам насилия.
Обстановка на Северном Кавказе складывалась еще более остро, нежели в Закавказье. Особенно в Чечне и Ингушетии. После покорения Кавказа чеченцы и ингуши были уравнены в правах с остальными гражданами России. Однако закон, написанный на бумаге, не мог в одночасье изменить вековую психологию горцев. Требовалась огромная просветительская деятельность – такие понятия, как «гражданин», «гражданское право», оставались для коренного населения Кавказа, жившего родоплеменным строем, пустым звуком. Расселенные на Тереке казаки и крестьяне постоянно страдали от набегов чеченцев и ингушей. В годы Кавказской войны казаки отвечали набегом на набег, вселяя в души горцев страх возмездия. Но к концу XIX в. обстановка изменилась – казаки были связаны по рукам и ногам российским законодательством. Стоило убить напавшего чеченца-грабителя или ответить на нападение горцев ответным набегом, как в силу вступал закон, и казаков ждало наказание «за уголовное преступление». Только за 1903–1904 гг., по официальным данным, из терских станиц было украдено 6319 голов лошадей и крупного рогатого скота, хотя реальность была намного хуже. В одном из обращений к Наместнику на Кавказе казаки писали: