И в Петербурге Брюс слыл магом и чародеем, чернокнижником и волшебником. До сих пор можно услышать легенды о хитростях, которые «знал и делал он, додумался и до того, что хотел живого человека сотворить. Заперся он в отдельном доме, никого к себе не впускал. Никто не ведал, что он там делал, а он мастерил живого человека. Совсем сготовил – из цветов – тело женское… Осталось только душу вложить, и это от его рук не отбилось бы, да на беду его – подсмотрела в щёлочку жена Брюса и, как увидела свою соперницу, вышибла дверь, ворвалась в хоромы, ударила сделанную из цветов девушку, та и разрушилась».

До наших дней дошло предание о механической кукле, которую Брюс изготовил для Петра. Кукла могла двигаться и говорить. Ни чертежей, ни самой куклы не сохранилось, но живёт легенда о том, что лунными ночами Брюс разговаривал с ней, и она ему отвечала.

Брюс умер в 1735 году, на десять лет пережив своего императора. Однако фольклор пренебрег историческим фактом ради ещё одного штриха в характеристике этого необыкновенного человека. Сохранилось предание, что, умирая, Брюс вручил Петру склянки с живой и мёртвой водой. Говорят, чтобы испытать изобретённые им эликсиры жизни, Брюс убил своего престарелого слугу и разрубил тело его на куски. Затем окропил их мёртвой водой. Куски срослись, и тело ожило. Вслед за этим Брюс окропил тело слуги живой водой, и старик на глазах помолодел.

Согласно одной из народных сказок, Брюс испытал однажды своё изобретение и на самом Петре. Будто бы в одном из сражений со шведами Пётр был изрублен врагами на мелкие куски. Узнав об этом, Брюс велел привезти в Москву, в Сухареву башню, где он в то время служил, все, что осталось: руки, ноги, тело. Сложил всё вместе, полил мёртвой водой, и части срослись, полил живой, и Пётр ожил.

Эти склянки и вручил Брюс Петру. Если царь пожелает видеть его ожившим, будто бы сказал чернокнижник, пусть спрыснет труп его этой водой. Прошло несколько лет, и Пётр вспомнил о брюсовой склянке. Он велел вскрыть могилу чародея. К ужасу всех присутствовавших, оказалось, что покойник лежит в могиле словно живой. У него даже выросли длинные волосы на голове и борода. Царь был так поражен этим, что велел скорее зарыть могилу, а склянку разбил. Правда, согласно одному из вариантов этой легенды, оживление не состоялось по другой причине. Будто бы царь был с похмелья, склянка в его руке дрогнула, и вся жидкость пролилась в землю.

Младший брат Якова Брюса Роман Вилимович традиционно считается первым комендантом Петропавловской крепости, хотя на самом деле был вторым, сменив пробывшего на этом посту менее года Карла Эвальда Рейна. На эту должность Брюс был назначен в мае 1704 года. В то время комендант Петропавловской крепости считался третьим лицом в Санкт-Петербурге, и поэтому в отсутствие императора и губернатора Брюс отвечал не только за крепость, но и за весь город, особенно за его строительство. Брюс вступил в должность коменданта в звании полковника и умер в этой должности в 1720 году, будучи уже членом государственной военной коллегии и в чине генерал-лейтенанта.

Похороны Брюса положили начало традиции захоронения комендантов Петропавловской крепости на специальном кладбище рядом с Петропавловским собором, у его алтарной стены. Позднее кладбище стало называться Комендантским. Здесь преданы земле девятнадцать из тридцати двух комендантов крепости. И первым был Брюс.

Долгое время Роман Брюс вниманием городского фольклора не пользовался, оставаясь в тени своего старшего брата. Но вот в 1970-х годах на Комендантском кладбище начались археологические раскопки, и неожиданно родилась легенда, весьма близкая по своему содержанию ко многим мистическим рассказам о Якове Брюсе. Согласно этой легенде, когда археологи открыли гроб Романа Брюса, то обнаружили, что тело его не было тронуто тлением, а на груди коменданта «лежала роза, с виду тоже живая». Археологи замерли от неожиданности, но через секунду видение исчезло, а тело Брюса и роза на их глазах рассыпались в прах.