Все это время принц Ахмед был занят подавлением восстания Шахкулу, после чего он перебрался из области Сиваса в Афьон в западно-центральной части Малой Азии; услышав о сражении Баязида с Селимом, он отправился маршем к Стамбулу, утверждая, что хочет выразить отцу соболезнование. Собрав силы, включающие контингент племен из провинции Караман, тех самых людей, которые были так восприимчивы к пропаганде шаха Исмаила и теперь надеялись снова извлечь выгоду из междоусобной борьбы, Ахмед написал великому визиру Кодже («Великому») Мустафа-паше письмо с просьбой подготовиться к его прибытию. Вопреки всем его ожиданиям, когда он подошел к Стамбулу 21 сентября 1511 года, его встретило восстание янычар и вынудило остаться в Ускюдаре, на азиатском берегу Босфора, без возможности переехать через пролив в столицу, где он на самом деле собирался провозгласить себя султаном. Великий визирь, который был доверенным послом Баязида к папе на переговорах об условиях заключения Джема в Риме, был убит. Теперь линия фронта была определена: янычары поддерживали Селима, а сторонники шаха Исмаила – Ахмеда.

Ахмед отступил в Малую Азию, намереваясь усилить свою поддержку и взять столицу штурмом. Его планы захватить султанат провалились, он открыто выступил против власти отца, совершив назначения на провинциальные должности от своего имени. Повторное требование посадить его правителем в Карамане – теперь находившимся под властью внука Баязида принца Мехмеда, который унаследовал своему недавно умершему отцу, принцу Шехин-шаху, – было отвергнуто, и он успешно осадил резиденцию принца-правителя Конью. Янычары снова послужили орудием, чтобы расстроить планы Ахмеда, поскольку когда новости о его победе достигли Стамбула, они опять восстали, требуя, чтобы Селим предъявил свои требования на трон султана, и выдвинули ультиматум государственному совету. Их шумная поддержка Селима вынудила Баязида действовать, и, повинуясь обстоятельствам, он назначил Селима главнокомандующим армии. Селим снова выступил из Кафы и направился маршем на Стамбул.

При Ахмеде в Конье и Селиме в Кафе принц Коркуд в свою очередь решил, что может получить трон, добравшись до Стамбула первым. Он оставил Манису и приехал тайно, приплыв в город на корабле, просил Баязида простить ему прошлое неповиновение и стал дожидаться приезда Селима. Коркуд надеялся купить поддержку янычар, раздавая им золото; они приняли золото, но когда Селим прибыл в Стамбул в апреле 1512 года, они поддержали свержение отца в его пользу. Впервые янычары послужили инструментом для насильственного отстранения правящего султана от власти; но этот случай был отнюдь не последним: каким бы ни было осуществление османского престолонаследия в теории, именно янычары возводили на престол и свергали с престола султанов.

Султан Мехмед II существенно повысил статус янычар, а Селим, который не мог принять попустительского отношения к государству шаха Исмаила и приверженцам кызылбашей, был продолжателем этой традиции; большая часть его войска была османами по образованию, а не по рождению, и нуждалась в решительном султане для выполнения миссии, для которой они были призваны. Ахмед, наоборот, притягивал тех, кто был лишен прежнего своего существования и не видел для себя места в новом османском государстве. Брат Баязида Джем привлекал примерно эту же группу.

Султан Баязид пережил покушение на убийство во время похода в Албанию в 1492 году, когда дервиш анархической секты Календери неожиданно набросился на него – нападение, ускорившее изгнание Календери из Румелии. Тем не менее он не смог пережить свержения с престола и через месяц умер естественной смертью по дороге в изгнание, на свою родину Дидимотихон во Фракии.