Для османов самым значительным вкладом в конечный итог была роль, которую играл духовный наставник султана мистик шейх Акшемседдин. Османы потеряли множество воинов в противоборстве, в котором четыре корабля с зерном, три генуэзских и один византийский, сумели прорвать османскую блокаду и доставить груз в Золотой Рог. После этой неудачи Акшемседдин написал султану об увиденных им небесных знамениях, которые предвещали победу, это смягчило отчаянье султана и подняло боевой дух осаждающей армии.

Через 54 дня после начала штурма султан Мехмед вошел в город, разрушенный осадой и разоренный грабежами. Императора Константина нигде не было и следа. Большинство летописцев XV века, и восточных, и западных, сходятся во мнении, что он был убит в сражении, но поскольку местонахождение его тела было и остается неизвестным, появились легенды, повествующие о его судьбе и различных местах в городе, считающихся его могилой. Предстоявшая османам работа по восстановлению города обескураживала. Историк Дука сообщает, что султан Мехмед призвал византийского государственного деятеля Луку Нотару и задал вопрос, почему император не сдал ему город, предотвратив таким образом его разрушение.

Первая пятничная молитва после завоевания была проведена шейхом Акшемседдином в базилике Святой Софии, императорской церкви Юстиниана, превращенной в мечеть. Султан Мехмед, предположительно, сначала вошел в Святую Софию в сопровождении Турсун-бея, который видел и описал благоговение и изумление, которое внушило ему убранство церкви. Для превращения христианской византийской церкви в мусульманскую османскую мечеть нужно было только убрать из нее атрибуты христианского ритуала – кресты и колокола и заменить их принадлежностями мусульманского культа – молельной нишей, кафедрой проповедника и минаретами. Позднее Мехмед добавил к этому комплексу теологическую школу. Участвовавшие в осаде знамена были вывешены в память о его великой победе, а молитвенные ковры, предположительно принадлежавшие пророку Мухаммеду, переопределили религиозный характер церкви. Историк XIX века Ахмед Лутфи-эфенди утверждает, что Мехмед приказал сохранить в Святой Софии изображения «лица ангела», и исследование показало, что такие священные мозаики, как Пантократор, были видны вплоть до правления султана Ахмеда I в начале XVII века, когда они были закрашены в период нетерпимого отношения к антропоморфным изображениям. Мозаики, невидимые из центрального молитвенного пространства, оставались незакрытыми до начала XVIII века. Османы даже не изменили названия здания, а просто произносили его на турецкий манер как «Аясофью».

Снаружи Айя Софии, на вершине колонны стояла верховая статуя Юстиниана с золотой державой в руке, установленная в 543 году и. э. Жители империи считали статую талисманом, разрушение которого предвещало бы конец Византии. Как и многие путешественники, включая Иоганна Шильтбергера, проведшего в Константинополе три месяца по дороге домой после многих лет в плену на Востоке, османы воспринимали державу как изображение «Красного яблока» и в течение трех лет от «Завоевания» статуя была снята – символический акт против возвращения побежденной императорской власти. Живя в Стамбуле в 40-х годах XVI века, французский гуманист Пьер Жиль видел, что осталось от статуи на территории дворца Топкапы: «Среди фрагментов были нога Юстиниана, которая превосходила мой рост, и его нос, более девяти дюймов длиной. Я не отважился измерять ноги лошади, что лежат на земле, но украдкой измерил одно из копыт и обнаружил, что в высоту оно девять дюймов».