Создатель бесподобной усыпальницы архитектор В. А. Покровский решил этот проект следующим образом. Под землей был устроен склеп, площадью в восемьдесят квадратных аршин, разделенный на два равных помещения – южное и северное. Причем самая часовня завершает лишь южную часть склепа. Северная же часть оформлена сверху в виде просторной паперти перед входом в часовню, или «дворика», как иногда это пространство называют. «Дворик» с трех сторон обнесен невысокой каменной резной оградой. Первые Прохоровы появились в родовой усыпальнице еще до завершения строительства часовни. В августе 1911 года по распоряжению инспекторского отделения Московского градоначальника, как записано в монастырской регистрационной книге, было «произведено перенесение останков пяти членов семьи, захороненных ранее у Смоленского собора, в новый склеп под строящуюся часовню-памятник».

Теперь в склепе покоятся всего восемь членов семьи: сам ситцевый король, самодержавный владелец Пресненского удела Иван Яковлевич Прохоров (1836–1881), его дочь – Любовь Ивановна Соколова-Бородина (1857–1881), брат – Алексей Яковлевич Прохоров (1847–1888), малолетняя внучка – Анна Алехина (1886–1890), жена – Анна Александровна Прохорова, урожденная Алексеева (1840–1909), еще одна дочь И. Я. Прохорова – Екатерина Ивановна Беклемишева (1866–1912), внук – Борис Васильевич Гвозданович (1884–1917) и муж третьей дочери И. Я. Прохорова Анисьи Ивановны – Александр Иванович Алехин (1856–1917). А. И. Алехин и Аня Алехина – это отец и сестренка великого русского шахматиста Александра Александровича Алехина. Кстати, упокоенный здесь отец гроссмейстера – А. И. Алехин, – кроме того, что он приходился родственником Прохоровым, был еще и одним из директоров Трехгорки.

С недавнего времени в часовне проходят богослужения, причем непременно поминаются все «зде лежащыя».

В период наступления огородов советских трудящихся на монастырское кладбище некоторые захоронения были перенесены на «новое» Новодевичье. Но очень немногие. Всего шестнадцать захоронений. Причем, любопытно: когда в каком-нибудь источнике говорится об этом факте, то упоминаются лишь двое из всех – писатели Антон Павлович Чехов (1860–1904) и Александр Иванович Эртель (1855–1908). Об остальных, чаще всего, говорится коротко – «и другие». И действительно, имена большинства этих «других» знакомы лишь очень немногим. Среди них, например, был и отец А. П. Чехова – Павел Егорович (1824–1898), которого перезахоронили единственно за компанию с сыном. А так бы и не стали связываться. Перезахоронили также на новую территорию известного педагога, учредителя лучшей в Москве мужской гимназии Льва Ивановича Поливанова (1838–1899), среди выпускников его гимназии был и А. А. Алехин – будущий чемпион мира по шахматам. Не оставила среди гряд новая власть и своего бывшего Командующего морскими силами Республики Василия Михайловича Альтфатера (1883–1919).

Это может показаться странным: почему многие выдающиеся деятели, похороненные в монастыре, не были перенесены на новое кладбище, и могилы их затерялись, а какие-то едва известные или вовсе безвестные люди удостоились быть перезахороненными? Ответ довольно прост. Почти все эти перезахоронения осуществлялись по инициативе и силами родственников покойных. Так, например, перезахоронить Чехова с отцом заодно позаботилась вдова писателя – Ольга Леонардовна Книппер. Впоследствии она и сама была похоронена на новой территории, рядом с Антоном Павловичем. Перезахоранивать же царских генералов, чиновников, всяких потомственных почетных граждан было некому. То есть у многих из них, может быть, и были родственники, и эти родственники, скорее всего, очень переживали происходящее в Новодевичьем, но прийти и заявить, что они хотели бы позаботиться о судьбе останков своего знаменитого деда или прославленного отца было отнюдь небезопасно. Потому что престижные монастырские некрополи почитались большевистской властью, в сущности, кладбищами врагов народа, территорией, занятой «белыми». И отбить эту территорию, очистить ее от «классового врага», в общем-то, было даже согласно с государственной политикой той власти. Понятно, что в равной степени к «белым» могли быть отнесены и живые, если бы они настойчиво декларировали свое родство с социально чуждыми монастырскими покойными. Вот почему родственники, в большинстве, предпочли сделать вид, что к московским монастырским кладбищам и к погребенным там они не имеют никакого отношения.