Со смертью Сигизмунда окончилась династия Ягеллонов, польский королевский стол оказался без преемника и вакантным для различных кандидатов, в числе которых был и московский царь Иван Васильевич. Престол Польши оказался за венгерским представителем Стефаном Баторием. Вступив на престол, Стефан Баторий приступил к организации армии. Он поднял ее боеспособность и решил использовать днепровских казаков. При гетмане Ружинском днепровские казаки состояли на службе московского царя и защищали границы Московского государства. Крымский хан в одном из набегов захватил до 11 тысяч населения и возвращался с ними в Крым. Ружинский с казаками напал на татар и освободил весь полон.

После одного из походов на Крым Ружинский с казаками направился в Черное море, достиг южного берега и высадился в Трапезунде. Занявши город, захватил большую добычу, затем занял Синоп, разрушил его до основания и подошел к Константинополю. Из этого похода Ружинский вернулся с большой добычей. Кроме политических соображений войны с мусульманами ненависть Ружинского к ним объяснялась захватом турками его жены и маленькой дочери. В 1575 году гетман Ружинский при осаде крепости Аслам погиб при взрыве.

Стефан Баторий решил привлечь днепровских казаков к себе на службу, обещая им независимость и привилегии во внутренней организации. В 1576 году был издан Универсал, которым производились внутренние реформы казаков. Казакам был произведен реестр, и количество их было определено в 6 000 человек. Не вошедшие в реестр казаки превращались в сословие людей Речи Посполитой и лишались казачьего положения. Часть эта не подчинилась Универсалу, ушла в Запорожье и основала Запорожскую Сечь. Занесенные же в реестр днепровские казаки были сведены в шесть полков, делившиеся на сотни, околицы и роты. Во главе полков был поставлен старшина, и дарованы были знамя, бунчук, печать с войсковым гербом. Назначен обозный, два судьи, писарь, два есаула, войсковой хорунжий, войсковой бунчужный, полковники, полковые старшины, сотники и атаманы. Не были даны только пушки, которые казаки должны были добывать у турок.

Запорожским казакам король учредил тоже Кошевого атамана и старшину, пожаловал их войсковыми клейнотами и печатью. Главным городом реестровых казаков король назначил Чигирин и город Терехтемеров с уездом и монастырем, который отдал казакам для пропитания и лечения больных. Назначил им жалованье по червонцу в год и по кожуху. При казачьих полках была земельная собственность, дававшаяся на ранг или чин, которая носила название ранговой. Казаки должны были подчиняться коронному гетману. Реформы внутреннего быта днепровских казаков, произведенные королем Баторием, историками принято считать за время появления их на исторической сцене, когда беглые массы из Литвы и Польши Универсалом короля были превращены в организованное казачье войско.

Примерно к тому же времени относится русскими историками и зарождение донских казаков. В русских государственных архивах найден Указ царя Ивана Грозного, относящийся к 1570 году, в котором царь отправляя послов к Крым и Турцию, обращался к донским казакам с повелением, чтобы они сопровождали московских послов. Царь адресовал Указ «на Донец Северский» атаманам казацким и казакам, в котором писал: «И приводить посла из Рыльска велели к Азову Мише Черкашину. А как он, даст Бог, Иван, близко будет к ближним зимовщикам атаманским». Этот официальный, найденный в московских архивах документ историками принято считать за первоначальное появление донских казаков на исторической сцене и превращения их из беглых холопей в казачье войско, к которому послал грамоту царь.