Расселение донских казаков по условиям того времени ограничивалось районами, наиболее пригодными для защиты против постоянной угрозы нападений от окружавших их азиатских орд. Население располагалось в укрепленных городках, обнесенных валами, с расставленными пушками, и представлявшими укрепленный лагерь.

С начала XVI века были известны городки верховых казаков, расположенные по Иловле, Медведице и Хопру, существовавшие бесспорно еще со времени Батыя и не прекращавшие свое существование в течение всего времени господства Золотой Орды. Низовое казачество сосредоточилось в районе слияния Северского Донца и Дона, имея несколько городков, центром среди которых были Нижние Раздоры на Дону. Значительная часть донских казаков располагалась на среднем течении Северского Донца, в числе городков которых были известны Гундоры, Лугань, Митякин и др. Часть этих казаков состояла из остатков служащих обширной сети ямщицких линий распавшейся Золотой Орды, располагавшихся на главной линии, шедшей из центра ее, Сарая, в западном направлении и обратно. Казачьи городки, известные с XVI века, были многочисленными и продолжали увеличиваться. В 1549 году ногайский мурза жаловался московскому князю, что донские казаки, подвластные Москве, в трех-четырех местах построили новые городки, грабят его людей, а многих убивают. Городки эти построены были бесспорно на пути, служившем одним из трактов для набегов татар, превратившимся теперь в поселение казаков, закрывшее свободное движение.

Москва, Литва и Польша, будучи бессильными защищать границы своих владений от нападений крымцев и других кочевников, старались обеспечить безопасность договорами с Турцией и ежегодной уплатой дани крымским ханам. Казаки служили их авангардом в борьбе с общими врагами, но не встречали не только их поддержки, а часто встречали противодействие и получали строгие требования жить в мирных отношениях с ними и не нападать на Крым и владения Турции. Каждая страна старалась использовать казаков в своих целях, не считаясь с местными условиями казаков. Вмешательство во внутренние дела казаков приводили к тяжелым раздорам и резкому противодействию этим требованиям. Нередко со стороны турецких султанов предъявлялись требования к крымским ханам, чтобы они не делали набегов на земли московского царя, на что следовали ответы ханов: «Если перестану делать набеги на валахов, Польшу, Литву и московские владения, то чем же будут жить мои люди?» Война с отжившим миром кочевников была неизбежной. Гребенские казаки вели войны против ногайцев и черкесов, яицкие – против ногайцев и киргизов, нападали на Сарайчик, превратившийся в центр Большой ногайской орды после распада Золотой Орды. Войны казаками против азиатского мира велись повсюду.

Одной из прочных связей донских казаков, как гребенских, так и яицких, с Московским княжеством была церковная. Казаки в церковной иерархии входили в состав епархии епископа, переселившегося из центра Золотой Орды, Сарая, в московские пределы и находившегося под властью митрополита Всея Руси. От епископа, получившего название Крутицкого, казаки получали церковные книги, утварь, а иногда и назначаемое им духовенство. Зависимое положение в церковном отношении не ограничивалось только церковными вопросами и распространялось на связи военные, материальные и общекультурные. На протяжении следующих веков казаки находились в постоянной переписке с Москвой, и эволюция русского языка московских и донских писцов шла совершенно одинаково. Материальный вопрос в виде жалованья хлебом, сукнами и деньгами также был в сношениях казаков и Москвы одним из важных предлогов, как и вопрос военного снабжения и вооружения. Эта связь невольно ставила донских казаков в зависимость от Москвы, и в представлении Крыма и Турции они почитались за подданных московских царей, а днепровские – за подданных польско-литовских королей. Ответственность за деятельность казаков относили на ответственность Москвы, Литвы и Польши, на что получали ответ из Москвы и польско-литовских королей, кто казаки им не подвластны и действуют от них независимо. Этот дипломатический язык показывал на бессилие Москвы и польско-литовского королевства в борьбе против Крыма и Турции, боязнь нападения на их владения и, как следствие, на нарушение мирных отношений казаками. Казаки, несмотря на отсутствие военной помощи со стороны Москвы, Литвы и Польши, и даже их противодействия, имели достаточно сил и средств для отражения нападений алчных до грабежей и легкой наживы своих соседей, остатков отжившего кочевого мира. Считая лучшей обороной наступление, казаки предпочитали наступательные действия и нападали не только на Крым и ближайшие турецкие владения, но нередко на утлых суднах-душегубках переплывали Черное море и нападали на турецкие владения южного побережья, доходя до Константинополя. Походы в Турцию совершались отрядами донских и днепровских казаков самостоятельно или же соединенными силами. История казаков XVI и XVII веков показывает, что войска их не похожи были по своим военным качествам, по количеству и организации на группы беглых людей московских княжеств, превратившихся в воинственные казачьи войска с налаженным бытовым укладом, с населенными городками, хорошо оборудованными для обороны и хорошо налаженным внутренним управлением.