Случай нападения на московские границы золотоордынского хана Махмета служил примером, как крымский хан оказал своему союзнику помощь, во-первых, тем, что в сторону низовьев Волги направил ногайцев, а со стороны Крыма к московским границам послал «хана» Ивана с 16-ю тысячами казаков, и тем не только оказал помощь царю Иоанну, но и покончил с ханом Махметом.

После гибели Махмета ханами Золотой Орды были его сыновья, которыми продолжалась борьба с крымским ханом. Дружественные отношения с крымским ханом облегчали положение московского царя, и он продолжал укреплять страну и усиливать постоянные войска. Азовские казаки оставались независимыми от турецкой власти и вели войны на стороне крымского хана против ханов Золотой Орды, но при случае нападали и на крымских татар, и по всей вероятности, и на турецкие части. Занимая независимое положение и от крымского хана, и от московского царя, в церковном отношении казаки находились в подчинении Патриарха Всея Руси и сарайско-подонского епископа, теперь переселившегося в Москву Вассиана. Поэтому Турция и Крым считали азовских казаков подданными московского царя и требовали от него, чтобы он остановил казаков и запретил им делать нападения на крымских татар, на что московский царь отвечал, что азовские казаки ему не подвластны и действуют самостоятельно от Московского княжества. В 1485 году были присоединены Псков и Новгород, в 1488 году – Тверь. Рязань находилась под управлением сестры Иоанна, правившей княжеством за малолетством своего сына, признавшего своего дядю, московского князя, за отца. Количество «пушечных изб» в Москве увеличивалось, выделывались собственными средствами «пищали» и «пушки». Был построен «пороховой двор». В походе на Тверь и Новгород на вооружении войск были пушки, тюфяки и пищали.

Границы против Золотой Орды и юга охранялись дозорными «служилых» и «городовых» казаков и казачьими войсками, служившими на границах Мещерского, Рязанского и Переяславского княжеств.

В 1488 году в Москве произошла настоящая катастрофа – страшный пожар испепелил Москву из края в край; сгорели и «пушечные избы», и «пороховой двор».

Пожар Москвы, испепеливший столицу из «края в край», был действительно катастрофой для Московского государства, однако он не остановил политического и военного роста Москвы.

Для решения политических и военных вопросов при московском князе была образована «Великая Дума», составлявшаяся из московских князей, бояр и духовенства. Сарайско-Подонский епископ имел важное значение в сношениях русских князей с ханом Золотой Орды еще со дня образования епархии в Сарае; после перехода епископа в Москву он этого значения не утратил.

Епископ Вассиан сохранил титул «епископа Сарско-Подонской» епархии, но не из «уважения к древности», а в силу действительного своего положения.

Епархию составляло казачье население, большинство которого продолжало оставаться на своих прежних местах, часть его влилась в пределы московских владений и служила основными кадрами для формирования постоянных войск. Епископ Вассиан был ближайшим советником князя Иоанна III; он побуждал его к более решительным действиям против разлагавшейся Орды, окружавшей московские владения. После нерешительных действий князя против хана Ахмета епископ упрекал князя в трусости и называл «беглецом» за то, что он вместо боя отвел войска к Москве. Епископ старался согласовать действия московского князя с крымским ханом в общей войне против ханов Золотой Орды.

Решительные меры епископа в борьбе с азиатскими ордами, и такие же нерешительные со стороны князя, крылись в их различной психологии. В течение всего времени зависимого положения Руси от ханов Золотой Орды, в Сарско-Подонской епархии сменилось 14 епископов, их прихожане были преимущественно военные люди. Они не испытывали татарского гнета и, освобождаясь от зависимости, имели правильное представление о гибнущей Орде, о психологии азиатских народов. Как к народу, нижестоявшему по культуре, потерявшему значение военной силы, казаки могли испытывать к ним только презрение, понимая, что для русских пришла пора применить к ним смелость и силу.