С небольшим через год 16 апреля 1493 г. нутрь Кремля весь выгорел, остался только этот новый двор за Архангелом, где вероятно уже и пребывал вел. князь.

Красное Крыльцо и Грановитая Палата.

Из издания «Виды Москвы, изданные Академией наук (в 1755–1761 гг.) по снимкам ее ландкартного мастера М. Махаева»

А потом ровно через три месяца, 16 июля случился опять такой пожар в Кремле, какого не бывало с тех пор, как и Москва стала. Погорел не только весь Кремль и с упомянутым новым двором, но почти и весь посад вокруг Кремля. Очень трудно было при таких губительных обстоятельствах продолжать даже и производимую постройку каменных стен Кремля, а о продолжении постройки дворца нельзя было и помышлять. Поэтому закладка каменного дворца совершилась уже в последний год XV ст., в 1499 г. в мае месяце, когда вел. князь заложил двор свой камен, палаты каменные и кирпичные, а под ними погреба и ледники, на старом дворе у Благовещения, да и стену каменную заложил от двора до Боровицкой стрельницы, для защиты двора с набережной стороны, откуда из Замоскворечья могли достигать и татарские стрелы и горевшие головни.

Строителем всего жилого дворца быль Алевиз Фрязин от града Медиолана.

Постройка продолжалась несколько лет, по одному известию (Устюж. Лет. 179) даже 12 лет, и была окончена в 1508 г., через два с половиною года по кончине основателя этих строений вел. князя Ивана Васильевича.

7 мая 1508 г., во второе воскресенье по Пасхе, новый государь Василий Ив. перешел на житье в эти кирпичные палаты, которые сохранились и до нашего времени, составляя три нижних этажа ныне существующего так называемого Теремного дворца (Альбом видов, № XIV).

С кончиною вел. князя Ивана III, первого Московского государя, не произошло никаких перемен и ни малейшего ослабления ни в делах развития государственности, ни в домашних делах по устройству гнезда этой государственности, отныне славного и преименитого города Москвы.

Достойный преемник первого государя, Василий Ив., рожденный от Царевны Грекини, прямо уже стал именовать себя Царем, т. е. прямо обнаружил могущество и силу водворенной его отцом государственной идеи.

В городском устройстве Москвы он также неутомимо следовал по направлению, указанному и утвержденному отцом, которое ставило необходимою задачею по крайней мере хотя одни Божии храмы строить каменные и кирпичные.

Всего через 8 месяцев по кончине отца он начал свои строительные работы сооружением в Кремле кирпичной церкви во имя Чуд. Николы, которая была заложена 21 июня 1506 г. на месте, где прежде стояла деревянная старая церковь, прозываемая Никола Лняной и Елняной. Храм был выстроен в 9 недель и освящен 1 октября. Вел. князь поставил в ней чудотворную икону Николы Гостунского, отчего храм стали прозывать Никола Гостунский. Затем в 1508 г. окончены были строением Архангельский собор и колокольница Иоанн Лествичник, которую строил Фрязин Бон. Несомненно, что и тогда она была выстроена столпом.

В том же 1508 г. Фрязин Алевиз Новый построил церковь Иоанна Предтечи у Боровицких ворот. Освящена ноября 5.

В 1508 г. весной вел. князь велел Алевизу Фрязину вокруг града (Кремля) ров делать камением и кирпичем и пруды чинити вокруг града. В 1516 г. на Неглинке для этих прудов заложили третью плотину против Ризположенской стрельницы (Троицких ворот) и мост каменный, а ниже по течению две плотины были прежде заложены.

Пользуясь пребыванием в Москве Итальянских мастеров и в особенности славного Фрязина Алевиза, государь со многим желанием и верою повелел в 1514 г. весною заложить и делать каменные и кирпичные церкви не только в Кремле, но и на обширном близком и далеком посаде. В Кремле таким образом была заложена на сенях дворца церковь Рождества Богородицы с пределом св. Лазаря. На посаде в разных местностях были заложены девять церквей, строителем которых был тот же Алевиз.