Много и премного спорили, но истины не обретоша, каждый оставался при своем мнении.

Спор однако продолжался долгое время. Вел. князь остановил даже освящение новопостроенных церквей, целый почти год не были освящены церкви Иоанна Златоуста (в монастыре), Рождества Б-цы в Кремле с пределом Онуфрия и многие другие, в ожидании, что митрополит положит на его мысли. В ответ на настойчивость вел. князя митрополит в 1482 году оставил посох свой в соборе и съехал на Симоново в келью, взявши с собою только ризницу. Он мыслил так: если князь великий, приехав к нему, не добьет челом и роптания своего, что посолонь ходити, не оставит, тогда он совсем оставит митрополичий сан и будет жить простым монахом в келье. И так как на его стороне стоял весь священный чин и все миряне города, то вел. князь поневоле уступил и послал к святителю своего сына просить, чтобы возвратился на свой стол. Митрополит не послушал этого призыва. Тогда уже сам вел. князь поехал к нему и бил ему челом, умоляя, чтобы возвратился на свой стол, а сам «во всем виноват сотворися» и обещал слушать святителя во всем, и в хождении волю ему дал, как велит, как было в старину. После такого покаяния митрополит возвратился.

В этом обстоятельстве ярко выразилась та сторона Московского благочестия и Московских общественных интересов, которая впоследствии мало-помалу стала развиваться в невежественное староверие, послужившее к расколу верующих на множество толков и суемудрий.

Но возвратимся к истории нового собора. В 1482 г. храм был украшен иконописью. На это дело упомянутый Ростовский владыка Вассиан еще при своей жизни (он помер в 1481 г.) дал сто рублей мастерам иконникам: Денисию, попу Тимофею, да Ярцу, да Коне, которые и написали чудно вельми Деисус и с Праздники и с Пророки.

История постройки собора весьма любопытна и с другой, именно с политической, стороны.

Когда летом 1471 г. митр. Филипп крепко стал помышлять о сооружении нового храма, вел. князь уже был в походе под Новгород Великий, обвиненный в то время всеобщим мнением Низовой Руси в отступлении от Православия и в намерении поддаться Латинскому королю. Тогда 14 июля 1471 г. произошла знаменитая битва на р. Шелони, послужившая первым подвигом Москвы к упразднению Новгородской независимости.

В 1474 г. новозастроенный собор, доведенный уже до замкнутия сводов, внезапно разрушился, как бы предзнаменуя, что так с неумелым, старым строительным художеством разрушится и старозаветный вечевой порядок Русской жизни, именно в Новгороде, как сильнейшем представителе и охранителе этого порядка.

В 1475 г., когда началась уже новая Аристотелевская постройка собора, вел. князь снова двинулся в Новгород со многими людьми, но пошел туда миром пировать с Новгородским Владыкою, с тысяцкими, посадниками и житьими людьми, со всеми людьми Новгорода Великого. Среди любовных встреч и пиров он встретил там и много обиженных людей, которые, воспользовавшись присутствием в городе вел. князя, пришли к нему от целых двух улиц с большими жалобами на тамошних сильных людей, на бояр, на посадников степенных и на других сильников в грабежах и убийствах. И множество других жалобников пришли к вел. князю искать своих обид и насилий, понеже, замечает летописец, та Земля от давних многих лет в своей воле живяху и о вел. князех, своих отчинниках, небрежаху и не слушаху их, и оттого много зла в той земле происходит, между себя убийства и грабежи и домам разорение, кто кого сможет. Таким образом, вел. князь нашел в своей давней вотчине то же самое, чем она начала свою Историю почти за 600 лет тому назад. Вел. князь поставил всем обиженным правдивый суд пред лицом Владыки и посадников и виновных тотчас же отправил в Москву.