Когда первичные колонии сами основывали дочерние колонии, в качестве ойкистов они обычно приглашали граждан своей метрополии и переносили на новую почву все старые институты. Коринфяне основали Эпидамн под руководством Гераклида из Коринфа; Гераклея, колония Тарента, имела коллегию эфоров; а в Эвсперидах, колонии Кирены, имелись и эфоры, и Герусия. Таким образом, духовная связь между метрополией и колонией была очень сильной. В основе ее лежало чувство долга колонистов перед государством, выступавшим как организатор и начинатель предприятия, подкрепленное сильным чувством родства со всеми его семейными, религиозными и политическими институтами.

Но когда колония прочно укоренялась на новой почве, узы между ней и метрополией обрубались. Символом полной независимости апойкии было то, что в ней почитали не метрополию, а своего ойкиста, даже если он был чужестранного происхождения. В целом метрополия обычно не предъявляла политических прав на свою колонию. Известны лишь несколько исключений. Коринф претендовал на главенство в совместных с колониями церемониях и ежегодно посылал чиновников в Потидею; Занкла сохраняла политический контроль над Милами, а Синоп в IV в. получал со своих колоний дань. Невозможно определить, существовали ли подобные исключения с первых лет колонизации или проявились позже. Кроме того, метрополии могли быть добровольно дарованы привилегии, такие, как свобода от налогообложения, дарованная Ольвией гражданам Милета, проживающим в Ольвии. Или же метрополию могли пригласить рассудить спор между двумя ее колониями. Но подобные привилегии и приглашения распространялись не только на метрополии, но и на другие государства. Судейство также своим появлением обязано контактам, предшествовавшим эпохе колонизации; например, Аргос выступал судьей между Тилиссом и Кноссом, заселенным жителями Арголиды в эпоху переселений. В общем, независимость колоний была полной и неоспоримой.

Власть колонии над своими гражданами была такой же абсолютной, как и в метрополии. На Левкасе и в Локрах продажа земельных участков, розданных при основании колонии и передававшихся от отца к сыну, была либо полностью запрещена, либо разрешалась в исключительных случаях. Метрополия также принимала меры к тому, чтобы колонисты не покидали свою колонию. На Фере граждане, избранные жребием, обязаны были отправляться в Кирену, не имея возможности вернуться домой и пользоваться гражданскими правами, если только вся колония не прекратит свое существование; в Эретрии вернувшихся поселенцев, вытесненных коринфянами с Керкиры, изгнали из города пращами, и им пришлось основать Метону в Македонии. Подобная мера, вероятно, была особенно необходима при основании дочерних колоний, так как вторичные колонисты (epoikoi) нередко были родом из иных государств, чем метрополия, и было важно создать гарантии того, что они останутся в колонии.

Основание колонии являлось сознательным политическим актом метрополии. Официально испрашивалось благословение оракула, благодаря чему предприятие принимало характер богоугодного дела. Ионийцы азиатского побережья обращались к оракулу Аполлона в Дидиме, а жители материка – к оракулу Аполлона в Дельфах, а возможно, и к оракулу Зевса в Додоне. Божественным вождем (archegetes) колонии считался сам бог. Так, Аполлон Дидимский играл эту роль в Аполлонии Риндакийской, а Аполлон Дельфийский – в Наксии на Сицилии; тщательно соблюдались культ Аполлона Архегета как божественного основателя и культ колониста как земного основателя, контакт с оракулом поддерживался назначением священных послов (theoroi) в колонии. Некоторые из ответов Аполлона Дельфийского сохранились в оригинальном виде. Ойкист колонии паросцев на Тасосе (ок. 710 г.) получил ответ: «Объяви паросцам, о Телесикл, что я приказываю тебе основать богатый город на острове Эрия». Ойкисты Гелы, колонии Крита и Родоса, получили следующее предписание: «Энтим и хитроумный сын знаменитого Кратона, отправляйтесь оба в Сицилию и заселите эту прекрасную землю, построив город критян и родосцев у устья священной реки Гела и назвав его по имени реки». Из этих примеров ясно, что колонисты стремились, чтобы бог благословил их выбор ойкистов и места для колонии.