Перед большевистским переворотом архимандрит знакомится у Василия Ильича со студентом киевского университета, религиозным писателем Анатолием Жураковским, также вернувшимся с фронта. Они подружились. Впоследствии молодой человек примет священный сан, организует свою общину, дружественную Братству. Вместе с отцом Спиридоном они особенное значение придавали работе с детьми, с беспризорниками, толпы которых из самых разных общественных слоев появились на улицах с началом крушения имперской государственности и братоубийственной войны. Два друга регулярно стали посещать чайную Общества трезвости на углу Златоустовской улицы и Галицкой площади, пристанище босяков и потерянных людей. Здесь архимандрит служил молебны об исцелении заблудших, алкоголиков, а несколько активных и блестяще образованных женщин («благовестниц») каждую неделю организовывали там встречи с детьми, где последние сами произносили (начиная с семилетнего возраста) проповеди на евангельские темы.

На службы к архимандриту стекалось множество людей, так что вынужденной особенностью этих служб стала общая исповедь сотен прихожан, выслушать каждого из которых отец Спиридон был не в силах. Он обращался ко всем в церкви с призывом вслух называть свои грехи. Очевидцы рассказывали, как из разных мест толпы раздавались голоса с признанием в смертных грехах: кто-то открыто каялся в убийстве (а то и не одном), кто-то признавался в воровстве, клевете, супружеской измене и т. п. Все это наэлектризовывало обстановку, заставляя присутствующих порой кардинально изменять свои закоренелые привычки и сердечный настрой.

Несмотря на покровительство украинской власти при гетмане П. Скоропадском, в 1918 году архимандрит и христианские демократы, группировавшиеся вокруг Экземплярского, сталкивались с ожесточенным противодействием нового киевского митрополита Антония (Храповицкого). На московском Соборе он чуть было не стал патриархом, набрав большинство голосов (лишь жребий, вытянутый старцем Алексием Зосимовским, указал на Тихона). Оказавшись на Киевской кафедре, владыка стал управлять украинской Церковью по старинке, когда во главу угла ставили отказ от любых перемен и утверждали верность сложившейся практике. Для него стиль служения архимандрита, его открытость к людям являлись признаками если не смутьянства, то «хлыстовства». Он наложил на монаха епитимью и возбудил против того внутрицерковный судебный процесс. Вскоре митрополита арестовали петлюровцы и увезли в Галицию. Почти через год он вновь вернулся с частями белых, потом отбыл на Юг России. Все это время – при белых и красных – в вялотекущем режиме продолжалось церковное следствие над отцом Спиридоном. (Закончилось лишь в 1923 году вынесением ему формального порицания Святейшим Тихоном при одновременном неформальном поощрении: патриарх передал харизматичному монаху свой фотопортрет с краткой надписью: «Архимандриту Спиридону на память».

Отбиваясь от натиска начальства, архимандрит в 1918-м пишет окончательную редакцию «Исповеди священника перед Церковью» и в следующем году издает ее отдельной книгой. Она выходит при втором воцарении в Киеве большевиков, скорее всего летом. Весна и лето 1919-го были страшным временем показательных массовых расстрелов представителей «чуждых классов». Но отца Спиридона, священника рабочих, пока не трогали.

Он продолжал служить в своем стиле, не прекращая и широкой социальной и просветительской работы.

Экземплярский в канун 1918 года в обращении к читателям «Христианской мысли» высказал убеждение, что уже «близок час духовного пробуждения народа, тоски по Богу и искания Его правды. Задача всех церковных людей сделать все возможное, чтобы утолить эту жажду духовную». Архимандрит Спиридон считал Василия Ильича своим «отцом во Христе» и, конечно, стремился осуществить на деле их общее упование.