Вот что пишет он сам в своей единственной автобиографии, которая была опубликована в 1888 году в журнале «Север»:

«Я – сын причетника (низший церковный служитель, не имеющий степени священства. – Ред.) села Сурского, Пинежского уезда, Архангельской губернии. С самого раннего детства, как только я помню себя, лет четырех или пяти, а может быть и менее, родители приучили меня к молитве и своим религиозным настроением сделали из меня религиозно-настроенного мальчика. Дома, на шестом году, отец купил для меня букварь, и мать стала преподавать мне азбуку; но грамота давалась мне туго, что было причиной немалой моей скорби. Никак не удавалось мне понять связь между нашей речью и письмом; в мое время грамота преподавалась не так как сейчас: нас всех учили: «азъ», «буки», «веди» и т. д., как будто «а» – само по себе, а «азъ» – само по себе. Долго не давалась мне эта мудрость, но, будучи приучен отцом и матерью к молитве, скорбя о неуспехах своего учения, я горячо молился Богу, чтобы Он дал мне разум – и я помню, как вдруг спала точно пелена с моего ума, и я стал хорошо понимать учение. На десятом году меня повезли в Архангельское приходское училище. Отец мой получал, конечно, самое маленькое жалованье, так что жить, должно быть, приходилось страшно трудно. Я уже понимал тягостное положение своих родителей, и поэтому моя непонятливость к учению была действительно несчастьем. О значении учения для моего будущего я думал мало и печалился, особенно о том, что отец напрасно тратил на мое содержание свои последние средства. Оставшись в Архангельске совершенно один, я лишился своих руководителей и должен был до всего доходить сам. Среди сверстников по классу я не находил, да и не искал себе поддержки или помощи; они все были способнее меня, и я был последним учеником. На меня напала тоска. Вот тут и обратился я за помощью к Вседержителю, и во мне произошла перемена. В короткое время я продвинулся вперед настолько, что уже перестал быть последним учеником. Чем дальше, тем лучше и лучше я преуспевал в науках, и к концу курса одним из первых был переведен в семинарию, в которой окончил курс первым учеником в 1851 году и был послан в Петербургскую Академию за казенный счет…»

Так получилось, что после смерти отца Иоанн должен был вернуться, к матери. Содержать ее было некому, поэтому с академией и книгами нужно было покончить. Как вдруг Иоанну достается, место в канцелярии, невиданная удача для того времени. И он остается. Все деньги он отсылает матери, а сам учится, читает, ищет.

«Еще будучи в семинарии, я лишился нежно любимого отца, и старушка мать осталась без всяких средств к существованию, – писал отец Иоанн в своей автобиографии. – Я хотел прямо из семинарии занять место дьякона или псаломщика, чтобы иметь возможность содержать ее, но она горячо воспротивилась этому, и я отправился в Академию. В академическом правлении тогда занимали места письмоводителей студенты за самую ничтожную плату (около десяти рублей в месяц), и я с радостью согласился на предложение секретаря академического правления занять это место, чтобы отсылать эти средства матери».

…Феодора Власиевна преставилась в Кронштадте в 1871 году. Незадолго до кончины она приехала к сыну в Кронштадт, неожиданно заболела холерой. Отец Иоанн молился о своей матери, усердно ухаживал за нею вплоть до последнего дня, отдав последний сыновний долг.

– Всю свою жизнь отец Иоанн вел дневник, – рассказывает Иван Охлобыстин. – С одной стороны, это был дневник обычного человека, куда он записывал свои болезни и методы их лечения. С другой стороны, он довольно подробно описывал свои сны, в особенности кошмары, которые считал расплатой за свои грехи. Также он подробно описывал, как можно и должно добиться победы божественной сути в душе человеческой. Он доверял дневникам самые сокровенные мысли, в том числе пророчества. Он знал свое будущее. И знал будущее своей отчизны. Во всяком случае, так говорит легенда.