В 1962 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Действие закона планомерного пропорционального развития в мировой социалистической системе хозяйства», в 1970 г. – докторскую, на тему «Роль социалистического государства в планомерном регулировании общественного производства». В 1976 г. Л.И. Абалкин был приглашен на должность заместителя заведующего кафедрой проблем управления в Академию общественных наук (АОН) при ЦК КПСС. После объединения АОН с Высшей партийной школой в 1978 г. он стал заведующим объединенной кафедрой политической экономии. В АОН Л.И. Абалкин проработал 10 лет, и в 1986 г. был назначен директором Института экономики АН СССР (впоследствии – РАН). Он трижды избирался на пост директора ИЭ РАН на новый срок. В 1984 г. был избран членом-корреспондентом АН СССР, в 1987 г. – академиком АН СССР.

С июля 1989 г. по декабрь 1990 г. – особый период в жизни Л.И. Абалкина. Оставаясь директором Института экономики, он работал в правительстве, где являлся заместителем Председателя Совета Министров СССР – Председателем Государственной комиссии Совета Министров СССР по экономической реформе. Многих удивило решение Леонида Ивановича работать в правительстве. Однако сам он руководствовался возможностью реализовать возникший шанс, который, по его мнению, тогда был, внедрить в практику разумное понимание экономических процессов. Сам он впоследствии писал, что «правительство за полтора года должно остановить нарастание негативных процессов и оздоровить экономику. Если оно не сможет этого сделать – должно уйти в отставку. Срок деятельности правительства был предсказан с поразительной точностью. Но остается вопрос, была ли реальная возможность решить эту задачу. Осмысливая пройденный путь, я подтверждаю, что такой шанс действительно был»1. У Леонида Ивановича имелся 15-летний опыт разработки серьезных экономических проблем, когда он привлекался к работе для правительства во времена А.Н. Косыгина. Он знал, как работает правительственный аппарат, был достаточно осведомлен о состоянии экономического положения страны.

Большую часть своей жизни Л.И. Абалкин занимался преподавательской работой, и делал он это блестяще. У него был несомненный талант преподавателя и лектора. Внимания слушателей он добивался развитым чувством понимания аудитории, хорошим русским языком, содержательным и убедительным изложением предмета лекции или доклада, серьезными аргументами и доказательствами. Свои доклады и выступления он никогда не читал по бумажке, каждый раз выделяя новые грани, аспекты, подходы даже по уже известным и не раз обсуждавшимся проблемам.

Л.И. Абалкину было присуще чувство солидарности, которое особенно остро проявлялось в периоды усиления идеологического давления на экономическую науку. В 1970 г. Отдел науки ЦК КПСС устроил погром в Институте экономики АН СССР, резко выступив против школы Я.А. Кронрода, и инициировал ряд публикаций в центральной печати с разгромными публикациями в адрес некоторых сотрудников института. В частности, в газете «Социалистическая индустрия» появилась рецензия под названием «Ошибочные позиции» на книгу тогдашнего сотрудника Института экономики АН СССР Б.В. Ракитского «Формы хозяйственного руководства», ответственным редактором которой был Я.А. Кронрод. Л.И. Абалкин, еще будучи заведующим кафедрой политэкономии МИНХа им. Г.В. Плеханова, принципиально поддержал Б.В. Ракитского, подчеркнув, что только солидарность в отстаивании рыночных позиций позволит защитить это направление в экономике. Также можно вспомнить эпизод тех лет, когда Г.С. Лисичкину не давали возможности защитить докторскую диссертацию в Москве, и он перенес защиту в Вильнюс, Абалкин мужественно согласился выступить официальным оппонентом у Лисичкина. Правда, защиту диссертации запретили вовсе.