Коренное улучшение состояния здравоохранения в России было выдвинуто Государем на первый план. Николай II неуклонно добивался улучшения медицинского обслуживания населения страны. Здоровье нации стало при нем одним из приоритетов социальной политики, последовательно проводимой Государем. В годы его царствования русская медицина получила международное признание, в Российской Империи сложились выдающиеся научные школы, во многом опередившие развитие медицины и здравоохранения в ХХ столетии.
Врачебно-санитарное дело в Империи в главной своей части было сосредоточено в ведении Министерства внутренних дел. 11 января 1897 г. Николаем II была утверждена Особая комиссия о мерах предупреждения и борьбы с чумой под председательством принца А. П. Ольденбургского{148}. Для осуществления практической деятельности противочумной комиссии были необходимы вакцины и сыворотки. Поэтому в Императорском институте экспериментальной медицины в 1901 г. была открыта особая лаборатория. Государь разрешил принцу Ольденбургскому использовать под экспериментальные цели помещения кронштадтского форта «Император Александр I». В октябре 1897 г. А. П. Ольденбургский выезжал в Туркестан для принятия экстренных мер по недопущению чумы в пределы Империи, за что получил «глубочайшую Его Императорского Величества благодарность за понесенные труды», избавившие Европейскую Россию и остальные страны Европы от проникновения чумы в их пределы.
При Николае II получила мировое признание русская научная медицина, которая не могла бы развиваться без государственной поддержки. В эпоху Императора Николая II впервые были удостоены Нобелевской премии русские ученые: физиолог И. П. Павлов (1904 г.) и микробиолог И. И. Мечников (1908 г.). Русские ученые впервые в мире описали клиническую картину тромбоза венечных артерий сердца, применили противодифтерийную сыворотку, разработали нозологическое направление в психиатрии. Кроме того, русские ученые провели новаторские исследования структуры мозга, стояли у истоков таких областей медицины, как судебная психиатрия, гинекология и гигиена, были основоположниками электрофизиологии и электрокардиографии. В начале ХХ в. в России выходило свыше 150 общих и специализированных научных медицинских журналов.