В страшный период инквизиторства Торквемады несмотря ни на что саламанкские ученые, единственные в Испании, изучали гелиоцентрическую систему Николая Коперника. Лойолу и товарищей приняли в университет города, который справедливо называли «маленьким Римом».

В Саламанке с середины июля 1527 года Лойола с учениками учился, ухаживал за больными и проповедовал на улицах. Жители толпами стекались на его выступления, Лойолу опять приглашали в дома знатные люди. Местное духовенство и монашество очень расстраивалось и кто-то уже через десять дней после приезда четырех студентов написал на них донос. В конце июля доминиканский монах и викарий Саламанкского епископа Фриас посадил Иниго в тюрьму, приковав цепью к стене. Почти месяц доминиканские инквизиторы допрашивали Лойолу.

«Мы хотим узнать о вас поподробнее. Мы студенты, учились в Барселоне и Алькале. Что же вы проповедуете? Мы не проповедуем, мы беседуем с людьми о Божественных вещах. Если нас зовут, мы приходим. О каких же Божественных вещах вы разговариваете? Мы беседуем о разных добродетелях и хвалим их. Мы говорим о разных пороках и порицаем их. Вы не ученые, не священники, не монахи, а беседуете о добродетелях и пороках. Говорить об этом можно лишь от учености, или от Святого Духа. Вы не ученые, а значит, вы говорите от Святого Духа. Я не хочу больше говорить об этом. Но почему? Сейчас столько заблуждений, особенно от Эразма Роттердамского, обманувшего целый мир. Вы не хотите объяснить то, о чем беседуете? Отец! Я не скажу больше того, что уже сказал вам. Я буду говорить только перед своими настоятелями, которые могут обязать меня к этому. Ну что же, в конце концов, человеколюбие начинается с себя самого. Оставайтесь в тюрьме. Мы все равно добьемся, что вы заговорите».

Доминиканцы впоследствии говорили, что Иниго Лойола произвел на них сильнейшее впечатление. В тюрьму постоянно приходили монахи, чтобы посмотреть на первого духовного рыцаря. В ордене произошел раскол из-за решения о судьбе Лойолы и инквизиторы были вынуждены соблюдать порядок ведения следствия так, как было положено, а не так, как они это делали обычно. В этот момент Лойола отдал Фриасу свои «Духовные упражнения», которые прочитали многие доминиканские монахи. Три доктора богословия объявили, что в упражнениях нет ничего противохристианского, однако слог сбивчив и неясен, видна неопытная рука автора. 20 августа Иниго Лойолу судили и этот процесс продолжался три дня. Все присутствовавшие на процессе говорили, что Лойола отвечал так, что придраться было не к чему.

«Когда мысль является простительным, а когда смертным грехом? Как необразованный человек может это определить? Верно это определение, или нет, Господь рассудит. Если же вы считаете это неверным, осудите это. Не сыщутся в Саламанке такие кандалы и такие цепи, которых бы я не желал бы ради любви к Господу».

В ночь на 22 августа из тюрьмы из-за оплошности охраны сбежали все заключенные. Лойола и его товарищи остались в пустом узилище и это произвело сильное впечатление на весь город, в котором уже было много сторонников Иниго. 22 августа ему зачитали судебное решение: «Нет никаких ошибок в его жизни и учении. Он может беседовать о Божественном, но никогда не должен определять, какой грех смертный, а какой простительный». В ответ на оправдательный приговор, что само по себе было невозможным явлением в инквизиторском трибунале, дон Иниго Лойола ответил, что подчинится этому решению. Он во всеуслышание объявил, что не одобряет приговор, который не осудил его ни в чем. Ему просто заткнули рот и лишили возможности помогать людям тем, чем он может. Фриас заявил, что Лойола не еретик и его поведение добропорядочно. По окончании богословского факультета Саламанкского университета дон Иниго Лопес де-Рекальдо может проповедовать опять. Учить Закону Божьему он может уже сейчас. Доминиканский викарий очень внушительно посоветовал известному своим красноречием оратору продолжить учебу, поскольку Лойола совсем не искусен в риторике и легко может впасть в ересь. Взбешенный Лойола заявил во всеуслышание, что инквизиция непонятно почему выталкивает его из Испании, в которой не понимают его великих идей. Лойола заявил, что не останется в Саламанке. Суд закончился и его эхо самостоятельно пошло гулять по всей Европе. В начале 1527 года тридцатишестилетний Иниго Лойола оказался на испанском распутье. Господи, Иисусе Христе, Сыне Божий, помоги рабу Твоему Иниго!