Тем временем Иркутский большевистский губком, вышедший из подполья, потребовал от «Политцентра» предъявить союзному командованию требования о выдаче Колчака, председателя Совета министров Пепеляева и золотого запаса, угрожая в противном случае взорвать кругобайкальские железнодорожные туннели. «Политцентр» уступил реальной силе и принял это требование.

Союзное командование также вынуждено было согласиться. Этим обеспечивался отход своим частям, а выдачей Колчака укреплялись позиции эсеровского «Политцентра». В итоге 15 января, по прибытии в Иркутск, Колчак и Пепеляев были переданы представителям «Политцентра» и помещены под стражу. К этому времени политическая ситуация в Иркутске уже существенно изменилась в пользу большевиков. 21 января «Политцентр» передал власть в городе, а с ней и арестованного адмирала, большевистскому Иркутскому военно-революционному комитету (ВРК). 7 февраля 1920 г. Колчак и Пепеляев по постановлению Иркутского ВРК были расстреляны.

В тот же день на станции Куйтун (в 310 км северо-западнее Иркутска) было подписано соглашение о перемирии между командованием Красной армии и Чехословацкой армии в России, гарантирующее легионерам отход на Дальний Восток и эвакуацию. В отношении российского золотого запаса было условлено, что он будет передан советской стороне после отъезда из Иркутска на восток последнего чехословацкого эшелона. До этой даты действовало перемирие, производился обмен пленными, загружался уголь в локомотивы, составлялись и согласовывались списки русских и чехословацких уполномоченных для сопровождения эшелонов. Передача советским властям эшелона с частью золотого запаса состоялась 1 марта. В ночь с 1 на 2 марта Иркутск покинули последние чешские эшелоны и в город вступили регулярные части Красной армии.

Следует заметить, что чехословаки вернулись домой не с пустыми руками. Они не только грабили, но и успешно торговали награбленным, а также продукцией предприятий, оказавшихся под их контролем.

Отступавший Колчак вез с собой большую часть золотого запаса России (захваченного ещё в Казани) в эшелоне, состоявшем из 18 вагонов.

24 декабря 1919 г. генерал М. Жанен, командующий войсками союзников в Сибири, отдал приказ о передаче охраны эшелона Чехословацкому корпусу.

Как уже говорилось, менее чем через месяц, 22 января 1920 г., в Иркутске к власти пришел Политцентр, представители которого обратились к легионерам со следующим предложением: в обмен на царское золото они предоставляют легиону возможность передвижения на восток и дальше до Владивостока.

7 февраля соответствующий договор был подписан, 1 марта состоялась передача русского золота. По-видимому, здесь речь шла о третьей части золота, отправленного из Казани в августе 1918 г.

Остальные две трети были расхищены белыми, французами и теми же чехословаками. О том, сколько кому досталось золота, историки спорят до сих пор.

13 февраля 1920 г. министр иностранных дел Чехословацкой Республики доктор Эдвард Бенеш отправляет письмо командованию Чехословацкого корпуса: «Союзники приветствовали бы спасение эшелона с российским золотым запасом. Если это ещё в Вашей власти, попытайтесь вывезти его в безопасное место, например, в Чехию».

Сколько тонн русского золота прибыло в Чехословакию, до сих пор достоверно не известно.

После долгих переговоров о финансовом обеспечении возвращения чехословацкой армии домой, в декабре 1919 г. из Владивостока стали отплывать первые корабли с легионерами. На 42‐х кораблях в Европу было переправлено 72 644 человек (3004 офицеров и 53 455 солдат и прапорщиков чехословацкой армии). Из России не вернулось более четырёх тысяч человек – погибших и пропавших без вести. В ноябре 1920 г. в Чехословакию вернулся последний эшелон с легионерами из России.